Bitkilerin ve hayvanların hücreleri, "ökaryot" olarak bilinen hücre tipini oluşturur. Ökaryot hücrelerin en belirgin özellikleri, bir hücre çekirdeğine sahip olmaları ve genetik bilgilerini kodlayan DNA molekülünün de bu çekirdeğin içinde yer almasıdır. Öte yandan bakteriler gibi bazı tek hücreli canlıların ise hücre çekirdeği yoktur ve DNA molekülü hücre içinde serbest haldedir. Bu ikinci tip hücrelere "prokaryot" hücre adı verilir. Bu hücre yapısı, bakteriler için ideal bir tasarımdır, çünkü bakteri popülasyonlarının yaşamları açısından son derece önemli bir işlem olan "plasmid transferi" (hücreden hücreye yapılan DNA aktarımı), prokaryot hücrenin serbest DNA yapısı sayesinde mümkün olur.

Evrim teorisi ise, canlılığı "ilkelden gelişmişe" doğru bir sıralamaya oturtmak zorunda olduğu için, prokaryotların "ilkel" hücreler olduğunu, ökaryotların ise bu hücrelerden evrimleştiğini varsaymaktadır.

Bu iddianın tutarsızlığına geçmeden önce, prokaryot hücrelerin hiç de "ilkel" olmadığını belirtmekte yarar vardır. Bir bakterinin 2000 civarında geni vardır. Her bir gen ise 100 kadar harf (şifre) içerir. Bu da bakterinin DNA'sındaki bilginin en az 2 milyon harf uzunluğunda olması demektir. Bu hesaba göre tek bir bakterinin DNA'sının içerdiği bilgi, her biri 100 bin kelimelik 20 romana denktir.271 İşte her bir bakterinin DNA'sında kodlu bu bilgilerdeki herhangi bir değişiklik, bakterinin tüm çalışma sistemini bozacak kadar önemlidir. Bakterilerin gen şifrelerinde bir aksaklık olması ise, çalışma sistemlerinin bozulması, ve dolayısıyla ölümü anlamına gelir.

Rastlantısal değişikliklere karşı koyan bu hassas yapı yanında, bakteriler ile ökaryot hücreler arasında hiçbir "ara form" bulunmayışı da, evrimci iddiayı temelsiz kılmaktadır. Prof. Ali Demirsoy, bakteri hücrelerinin ökaryot hücrelere ve bu hücrelerden oluşan kompleks canlılara dönüşmesi senaryosunun temelsizliğini şu sözleriyle itiraf eder:

"Evrim teorisinin ısrarlı bir savunucusu olan Prof. Ali Demirsoy'u bu derece açık itirafları yapmaya iten nedir?" sorusu akla gelebilir. Bu sorunun cevabı, bakteri hücresi ile bitki hücresi arasındaki büyük yapısal farklılıklara bakıldığında, açıkça görülmektedir:

1) Bakteri hücresinin hücre duvarı, polisakarid ve proteinden oluşurken, bitki hücresinin hücre duvarı bunlardan tamamen farklı bir yapı olan selülozdan oluşur.

2) Bitki hücresinde zarla çevrili, son derece kompleks yapılara sahip pek çok organel varken, bakteri hücresinde hiç organel yoktur. Bakteri hücresinde sadece serbest halde dolaşan çok küçük ribozomlar vardır. Bitki hücresindeki ribozomlar ise daha büyüktür ve zarlara bağlıdır. Ayrıca her iki ribozom tipi de farklı yollarla protein sentezi gerçekleştirir.273

3) Bakteri hücresindeki ve bitki hücresindeki DNA'ların yapıları birbirlerinden farklıdır.

Yeryüzündeki yaşamın temelini bitkiler oluşturur. Bitkiler hem besin üretmeleri, hem de atmosferdeki oksijeni sağlamaları nedeniyle, canlılığın vazgeçilmez şartıdır.

4) Bitki hücresindeki DNA molekülü çift katlı bir zarla korunurken, bakteri hücresindeki DNA molekülü hücre içerisinde serbest durmaktadır.

5) Bakteri hücresindeki DNA molekülü biçim olarak kapalı bir ilmik görünümündedir, yani daireseldir. Bitki hücresindeki DNA molekülü ise doğrusal biçimdedir.

6) Bakteri hücresindeki DNA molekülü tek bir hücreye ait bilgi taşırken, bitki hücresindeki DNA molekülü, bitkinin tümüne ait bilgileri taşır. Örneğin meyveli bir ağacın kökleri, gövdesi, yaprakları, çiçekleri ve meyvesine ait tüm bilgiler, ağacın tüm hücrelerinin her birinin çekirdeğindeki DNA'da ayrı ayrı bulunmaktadır.

7) Bazı bakteri türleri fotosentetiktir, yani fotosentez yaparlar. Ancak bitkilerden farklı olarak bakteriler hidrojen sülfit ile sudan ziyade, başka bileşikleri kırar ve oksijen gazı salmazlar. Ayrıca fotosentetik bakterilerde (örneğin cyano bakterisinde) klorofil ve fotosentetik pigmentler, kloroplast içinde bulunmazlar. Bunlar hücrenin içinde çeşitli zarların içine gömülü olarak dağılmışlardır.

8) Bakteri hücresi ile bitki/hayvan hücresindeki mesajcı RNA'ların biyokimyasal yapıları birbirlerinden oldukça farklıdır.274

Prokaryot hücrelerin (solda), zaman içinde ökaryot hücrelere (sağda) dönüştüğü yönündeki evrimci varsayım, hiçbir bilimsel temele sahip değildir.

Hücrenin yaşayabilmesinde mesajcı RNA son derece hayati bir görev üstlenmiştir. Ancak mesajcı RNA hem ökaryot hem de prokaryot hücrelerde aynı hayati görevi üstlenmiş olmasına rağmen, biyokimyasal yapıları birbirlerinden farklıdır. Science dergisinde yayınlanan bir makalesinde Darnell konuyla ilgili olarak şöyle yazar:

Yukarıda birkaç örneğini verdiğimiz bakteri ve bitki hücreleri arasındaki büyük yapısal farklılıklar, evrimci biyologları büyük çıkmaza sokmaktadır. Bazı bakterilerin ve bitki hücrelerinin sahip oldukları ortak yönler olmasına rağmen, bu yapılar genel olarak birbirlerinden oldukça farklıdır. Bu farklılıklar ve hiçbir fonksiyonel "ara form"un mümkün olmaması, bitki hücresinin bakteri hücresinden evrimleştiği iddiasını bilimsel yönden geçersiz kılmaktadır.

Nitekim Prof. Ali Demirsoy, "karmaşık hücreler hiçbir zaman ilkel hücrelerden evrimsel süreç içerisinde gelişerek meydana gelmemiştir" diyerek bu gerçeği kabul eder.276