Evrim teorisini bitkilerin kökeni konusunda tümüyle çıkmaza sokan bir diğer konu, bitki hücrelerinin nasıl olup da fotosentez yapmaya başladıkları sorusudur.

Fotosentez, yeryüzündeki yaşamın en temel işlemlerinden biridir. Bitki hücreleri, içlerindeki kloroplastlar sayesinde su, karbondioksit ve güneş ışığını kullanarak nişasta üretirler. Hayvanlar ise kendi besinlerini üretemez ve bitkilerden gelen nişastayı kullanırlar. İşte bu nedenle fotosentez kompleks yaşamın temel şartıdır. İşin daha da ilginç yanı ise, son derece kompleks bir işlem olan fotosentezin henüz tam olarak çözülememiş oluşudur. Modern teknoloji, fotosentezi taklit etmek bir yana, detaylarını çözmeyi bile henüz başaramamıştır.

Peki bu denli kompleks bir işlem olan fotosentez, evrim teorisine göre, yani doğal süreçlerin bir ürünü doğmuş olabilir mi?

Bitki hücresi, günümüzde hiçbir laboratuvarda gerçekleştirilemeyen bir işlemi yani "fotosentez" işlemini gerçekleştirir. Bitki hücresinde bulunan "kloroplast" isimli bir organel sayesinde bitkiler su, karbondioksit ve güneş ışığını kullanarak nişasta üretirler. Bu besin maddesi, yeryüzündeki besin zincirinin ilk halkasıdır ve yeryüzündeki tüm canlıların besin kaynağıdır. Bu çok karmaşık işlemin ayrıntıları günümüzde hala tam olarak çözülememiştir.

Evrimci varsayımlara göre, bitki hücreleri fotosentez yapabilmek için, fotosentez yapabilen bakterileri yutup kloroplasta çevirmişlerdir. Peki bakteriler fotosentez gibi karmaşık bir işlemi yapmayı nereden öğrenmişlerdir? Hatta daha da önce, neden böyle bir işlem yapmaya başlamışlardır? Evrimci senaryonun diğer sorulara olduğu gibi bu soruya da verebileceği hiçbir bilimsel cevabı yoktur. Bir evrimci kaynakta yer alan yorumlar, bu konunun ne denli yüzeysel ve "masalsı" bir bakış açısıyla değerlendirildiğini göstermektedir:

Yine başka bir evrimci kaynak olan Life on Earth adlı kitapta, fotosentezin kökeni şöyle anlatılır:

Kısacası evrimci kaynaklar, insanın bile tüm teknoloji ve bilgisine rağmen henüz başaramadığı fotosentez gibi bir işlemin bakteriler tarafından bir şekilde tesadüfen "keşfedildiğini" söylemektedir. Gerçek bir masaldan hiç farkı olmayan anlatımların hiçbir bilimsel değeri yoktur. Konuyu biraz daha detaylı olarak inceleyenler ise, fotosentezin evrim adına büyük bir çıkmaz olduğunu kabul etmek durumunda kalır. Örneğin Prof. Ali Demirsoy bu konuda şu "itiraf"ta bulunur:

Alman biyolog Hoimar Von Ditfurth ise, fotosentezin, bu yeteneğe sahip olmayan bir hücre tarafından sonradan "öğrenilemeyecek" bir işlem olduğunu belirtir:

Fotosentez rastlantılar sonucu gelişemeyeceğine bir hücre tarafından sonradan öğrenilemeyeceğine göre, yeryüzünde yaşayan ilk bitki hücrelerinin fotosentez yapmak için özel olarak tasarlanmış oldukları ortaya çıkmaktadır. Yani bitkiler, fotosentez yeteneğiyle birlikte yaratılmıştır.