Sürüngenler sınıfı içinde yer alan ilginç bir canlı grubu, uçan sürüngenlerdir. Bunlar, yaklaşık 200 milyon yıl önce Üst Triasik Devir'de ilk kez ortaya çıkmış ve daha sonra ise soyları tükenmiş bir canlı grubudur. Bu canlılar birer sürüngendirler, çünkü sürüngen sınıfının temel özelliklerine sahiptirler: Metabolizmaları soğukkanlıdır (ısı üretemezler) ve vücutları pullarla kaplıdır. Ancak güçlü kanatlara sahiptirler ve bu kanatlar sayesinde uçabildikleri düşünülmektedir.

Uçan sürüngenler bazı popüler evrimci yayınlarda Darwinizm'i destekleyen bir paleontolojik bulgu olarak gösterilir, ya da en azından böyle bir imaj oluşturulur. Oysa aksine, uçan sürüngenlerin kökeni evrim teorisi adına ciddi bir sorundur. Bunun en açık göstergesi de, uçan sürüngenlerin, kara sürüngenleriyle aralarında hiçbir geçiş türü olmadan, bir anda ve eksiksiz olarak ortaya çıkmalarıdır. Uçan sürüngenler, çok iyi tasarlanmış kanatlara sahiptir ve bu organlar hiçbir kara sürüngeninde yoktur. "Yarım kanatlı" herhangi bir canlıya ise fosil kayıtlarında rastlanmamaktadır.

En eski uçan sürüngen türlerinden biri olan Eudimorphodon'un fosili. Kuzey İtalya'da bulunan bu örnek, yaklaşık 220 milyon yıl yaşında.

Nitekim "yarım kanatlı" canlıların yaşamış olması da mümkün değildir. Çünkü bu tür hayali canlılar, eğer yaşamış olsalardı, ön ayaklarını kaybettikleri, ama henüz uçacak durumda da olmadıkları için diğer sürüngenlere göre dezavantajlı hale geleceklerdi. Bu durumda ise, evrimin kendi kabulune göre elenip soylarının tükenmesi gerekirdi.

Nitekim uçan sürüngenlerin kanatlarının yapısı incelendiğinde, bunun asla evrimle açıklanamayacak kadar kusursuz bir tasarım olduğu görülür. Uçan sürüngenlerin kanatları üzerinde diğer sürüngenlerin ön ayakları gibi beş tane parmakları vardır. Ancak dördüncü parmak, diğer parmaklardan ortalama yirmi kat daha uzundur ve kanat da bu parmağın altında uzanır. Eğer kara sürüngenleri uçan sürüngenlere evrimleşmişlerse, o halde söz konusu dördüncü parmak da yavaş yavaş, kademe kademe uzamış olmalıdır. Sadece dördüncü parmak değil, tüm kanat yapısı, rastlantısal mutasyonlarla gelişmeli ve tüm bu süreç de canlıya avantaj kazandırmalıdır. Evrim teorisinin paleontolojik düzeydeki önde gelen eleştirmenlerinden biri olan Duane T. Gish, bu noktada şu yorumu yapar:

Pterodactylus kochi türüne ait bir uçan sürüngen fosili. Bavyera bölgesinde bulunan bu örnek, yaklaşık 240 milyon yıl yaşında.

Bir kara sürüngeninin kademeli bir biçimde bir uçan sürüngene dönüşebileceği varsayımı tümüyle tutarsızdır. Böyle bir dönüşüm sırasında ortaya çıkacak olan yarım, tamamlanmamış yapılar, canlıya bir avantaj kazandırmak bir yana, onu tümüyle dezavantajlı hale getirecektir. Örneğin evrimciler, bazı mutasyonların sadece dördüncü parmağı etkilediğini ve onu zaman içinde yavaş yavaş uzattığını varsayarlar. Elbette, diğer bazı rastlantısal mutasyonların da, her ne kadar inanılmaz gözükse de, bu yönde tam bir işbirliği yaparak, kanat zarının, uçuş kaslarının, tendonların, sinirlerin, kan damarlarının ve kanat için gereken diğer yapıların kademeli olarak evrimleşmesini sağlamaları gerekmektedir. Belirli bir aşamada, gelişmekte olan bu uçan sürüngen % 25'lik bir kanat dokusuna sahip olacaktır. Ancak bu garip yaratık hiçbir şekilde yaşayamayacaktır. % 25'lik bir kanat dokusu ona ne avantaj sağlayabilir? Açıktır bu canlı uçamayacaktır, ve artık eskisi gibi koşamayacaktır da.80

Kısacası uçan sürüngenlerin kökeninin Darwinistik evrim mekanizmalarıyla açıklanması imkansızdır. Nitekim fosil kayıtları da böyle bir evrim yaşanmamış olduğunu ortaya koyar. Fosil katmanlarında, sadece bugün tanıdığımız gibi kara sürüngenleri ve kusursuz uçan sürüngenler vardır. Hiçbir ara form yoktur. Omurgalı paleontolojisi alanında dünyanın en önde gelen birkaç isminden biri olan Carroll, bir evrimci olmasına karşın bu konuda şu itirafta bulunur:

Uçan sürüngenlerin kanatları, diğer parmaklardan ortalama 20 kat daha uzun olan "dördüncü parmak" boyunca uzanır. Önemli olan nokta, bu ilginç kanat yapısının fosil kayıtlarında bir anda ve kusursuz şekliyle ortaya çıkmasıdır. "Dördüncü parmak"ın kademeli bir biçimde, yani evrimle uzadığını gösterebilecek ara form örneği yoktur.

Kısacası uçan sürüngenlerin evrime delil oluşturan hiçbir yönü yoktur. Ancak sürüngen terimi çoğu insan için sadece karada yaşayan canlıları ifade ettiği için, popüler evrimci yayınlar, "uçan sürüngen" kavramıyla "sürüngenlerin kanatlanıp uçması" imajı vermeye uğraşırlar. Oysa kara sürüngenleri ile uçan sürüngenler, aralarında hiçbir evrimsel ilişki olmadan ortaya çıkmışlardır.