Sürüngen-kuş evrimi konusundaki iddiaları destekleyebilecek bir fosil örneği sorulduğunda, evrimci kaynaklarda hemen her zaman tek bir canlıdan söz edilir. Bu, hala ısrarla savunulan az sayıdaki ara geçiş formu iddialarından en bilineni olan Archæopteryx isimli fosil kuştur.

Archæopteryx'in uçucu bir kuş olduğunun önemli kanıtlarından biri, asimetrik tüy yapısıdır. Üstte, bu canlıya ait bir tüy fosili yer alıyor.

"Günümüz kuşlarının atası" olduğu öne sürülen Archæopteryx, bundan yaklaşık 150 milyon yıl önce yaşamıştır. Teoriye göre Velociraptor veya Dromeosaur ismi verilen küçük yapılı dinozorların bir kısmı, evrim geçirerek kanatlanmışlar ve uçmaya başlamışlardır. Archæopteryx, dinozor atalarından ayrılan ve yeni yeni uçmaya başlayan ilk türdür.

Oysa Archæopteryx'in fosilleri üzerinde yapılan son incelemeler bu anlatımın bilimsel bir temeli olmadığını göstermektedir. Bu bir ara geçiş formu değil, sadece günümüz kuşlarından biraz daha farklı özelliklere sahip, soyu tükenmiş bir kuş türüdür.

Archæopteryx'in iyi uçamayan bir "yarı-kuş" olduğu tezi yakın zamana kadar evrimci kaynaklarda çok daha fazla sıklıkla dile getirilmekteydi. Bu canlının "sternum"unun yani göğüs kemiğinin olmaması canlının uçamayacağının en önemli kanıtı olarak gösterilmekteydi. (Göğüs kemiği, uçmak için gerekli olan kasların tutunduğu göğüs kafesinin altında bulunan bir kemiktir. Günümüzde uçabilen veya uçamayan tüm kuşlarda, hatta kuşlardan çok ayrı bir familyaya ait olan uçabilen memeli yarasalarda bile bu göğüs kemiği vardır.)

Ancak 1992 yılında bulunan yedinci Archæopteryx fosili bu argümanın yanlış olduğunu gösterdi. Zira bu son bulunan Archæopteryx fosilinde evrimcilerin çok uzun zamandır yok saydıkları göğüs kemiği vardı. Nature dergisinde bu yeni bulunan fosil şöyle anlatılıyordu:

Berlin'de sergilenmekte olan en ünlü Archæopteryx fosili.

Öte yandan, Archæopteryx'in gerçek anlamda uçabilen bir kuş olduğunun en önemli kanıtlarından bir tanesi de hayvanın tüylerinin yapısı oldu. Archæopteryx'in günümüz kuşlarınınkinden farksız olan asimetrik tüy yapısı, canlının mükemmel olarak uçabildiğini gösteriyordu. Ünlü paleontolog Carl O. Dunbar'ın belirttiği gibi, "tüylerinden dolayı bu yaratık tam bir kuş özelliği gösteriyordu".105

Archæopteryx'in tüylerinin ortaya çıkarmış olduğu bir başka gerçek, bu canlının sıcakkanlı oluşuydu. Bilindiği gibi sürüngenler ve dinozorlar soğukkanlı, yani vücut ısılarını kendileri üretmeyen, çevrenin vücut ısılarını etkilediği canlılardır. Kuşlarda bulunan tüylerin en önemli fonksiyonlarından bir tanesi ise, vücut ısısını korumalarıdır. Archæopteryx'in tüylü olması, bunun dinozorların aksine sıcakkanlı olduğunu, yani vücut ısısını korumaya ihtiyacı olan gerçek bir kuş olduğunu gösteriyordu.