Evrimci biyologların, Archæopteryx'i ara geçiş formu olarak gösterirken dayandıkları en önemli iki nokta ise, bu hayvanın kanatlarının üzerindeki pençeleri ve ağzındaki dişleridir.

Archæopteryx'in kanatlarında pençeleri ve ağzında dişleri olduğu doğrudur, ancak bu özellikleri canlının sürüngenlerle herhangi bir şekilde bir ilgisi olduğunu göstermez. Zira günümüzde yaşayan iki tür kuşta, Touraco corythaix ve Opisthocomus hoazin'de de dallara tutunmaya yarayan pençeler bulunmaktadır. Ve bu canlılar, hiçbir sürüngen özelliği taşımayan, tam birer kuştur. Dolayısıyla Archæopteryx'in kanatlarında pençeleri olduğu ve bu sebeple de bir ara form olduğu yolundaki iddia geçersizdir.

Günümüzde yaşayan Opisthocomus hoazin kuşunun kanatlarında da aynı Archæopteryx gibi pençe benzeri tırnaklar yer alır.

Archæopteryx'in ağzındaki dişleri de yine canlıyı bir ara form kılmaz. Evrimciler bu dişlerin bir sürüngen özelliği olduğunu öne sürerek yanılmaktadırlar. Çünkü dişler sürüngenlerin tipik bir özelliği değildir. Günümüzde bazı sürüngenlerin dişleri varken bazılarının yoktur. Daha da önemli olan nokta, dişli kuşların Archæopteryx'le sınırlı olmamasıdır. Günümüzde dişli kuşların artık yaşamadıkları bir gerçektir, ancak fosil kayıtlarına baktığımız zaman gerek Archæopteryx ile aynı dönemde gerekse daha sonra, hatta günümüze oldukça yakın tarihlere kadar "dişli kuşlar" olarak isimlendirilebilecek ayrı bir kuş grubunun yaşamını sürdürdüğünü görürüz.

İşin en önemli yanı ise, Archæopteryx'in ve diğer dişli kuşların diş yapılarının, bu kuşların sözde evrimsel ataları olan dinozorların diş yapılarından çok farklı olmasıdır. Martin, Stewart ve Whetstone gibi ünlü kuşbilimcilerin yaptıkları ölçümlere göre, Archæopteryx'in ve diğer dişli kuşların dişlerinin üstü düzdür ve geniş kökleri vardır. Oysa bu kuşların atası olduğu iddia edilen theropod dinozorlarının dişlerinin üstü testere gibi çıkıntılıdır ve kökleri de dardır.106 Aynı araştırmacılar, aynı zamanda Archæopteryx ile onun sözde ataları olan theropod dinozorların bilek kemiklerini karşılaştırmışlar ve arada hiçbir benzerlik olmadığını ortaya koymuşlardır.107

Archæopteryx'in dinozorlardan evrimleştiğini iddia eden en önde gelen otorite olan John Ostrom'un, bu canlı ile dinozorlar arasında öne sürdüğü bazı "benzerlik"lerin ise gerçekte birer yanlış yorum olduğu Tarsitano, Hecht ve A. D. Walker gibi anatomistlerin çalışmalarıyla ortaya çıkmıştır.108

Tüm bunlar, Archæopteryx'in bir ara geçiş formu olmadığını; sadece "dişli kuşlar" olarak isimlendirilebilecek ayrı bir sınıflandırmaya ait olduğunu gösterir. Bu canlıyı theropod dinozorlarla ilişkilendirmek ise son derece tutarsızdır. Amerikalı biyolog, Richard L. Deem "Demise of the 'Birds are Dinosaurs' Theory" ("Kuşlar Dinozordur" Teorisinin Sonu) başlıklı makalesinde, kuş-dinozor evrimi iddiası ve Archæopteryx hakkında şunları yazmaktadır: