son dönemlerde bulunan bazı fosiller, Archæopteryx'le ilgili evrimci senaryonun geçersizliğini başka yönlerden ortaya koymuştur.

1995 yılında Çin'de Omurgalılar Paleontolojisi Enstitüsü'nde araştırmalar yapan Lianhai Hou ve Zhonghe Zhou adlı iki paleontolog, Confuciusornis olarak isimlendirdikleri yeni bir fosil kuş keşfettiler. Archæopteryx ile aynı yaştaki (yaklaşık 140 milyon yıllık) bu kuşun dişleri yoktu, gagası ve tüyleri ise günümüz kuşlarıyla aynı özellikleri göstermekteydi. İskelet yapısı da günümüz kuşlarıyla aynı olan bu kuşun kanatlarında, Archæopteryx'te olduğu gibi pençeler vardı. Kuyruk tüylerine destek olan "pygostyle" isimli yapı bu kuşta da görülüyordu. Kısacası, evrimciler tarafından tüm kuşların en eski atası sayılan ve yarı-sürüngen kabul edilen Archæopteryx'le aynı yaşta olan bu canlı, günümüz kuşlarına çok benziyordu. Bu gerçek, Archæopteryx'in bütün kuşların ilkel atası olduğu yönündeki evrimci tezlerle çelişiyordu.110

Archæopteryx ile aynı dönemde yaşamış olan Confuciusornis, günümüzde yaşayan kuşlarla çok büyük benzerlik gösterir.

Çin'de Kasım 1996'da bulunan bir başka fosil, ortalığı daha da karıştırdı. 130 milyon yaşındaki Liaoningornis isimli bu kuşun varlığı Hou, Martin ve Alan Feduccia tarafından Science dergisinde yayınlanan bir makaleyle duyuruldu. Liaoningornis, günümüz kuşlarında bulunan uçuş kaslarının tutunduğu göğüs kemiğine sahipti. Diğer yönleriyle de bu canlı günümüz kuşlarından farksızdı. Tek farkı, ağzında dişlerinin olmasıydı. Bu durum, dişli kuşların, hiç de evrimcilerin iddia ettikleri gibi ilkel bir yapıya sahip olmadıklarını gösteriyordu.111 Nitekim Alan Feduccia, Discover dergisinde yayınlanan yorumunda, Liaoningornis'in, kuşların kökeninin dinozorlar olduğu iddiasını geçersiz kıldığını belirtmişti.112

Archæopteryx'le ilgili evrimci iddiaları çürüten bir başka fosil ise Eoalulavis oldu. Archæopteryx'ten 30 milyon yıl daha genç yani 120 milyon yaşında olduğu söylenen Eoalulavis'in kanat yapısının aynısı, günümüzdeki bazı uçan kuşlarda görülüyordu. Bu da 120 milyon yıl önce, günümüzdeki kuşlardan birçok yönden farksız canlıların göklerde uçmakta olduklarını ispatlıyordu.113

Böylece Archæopteryx ve diğer arkaik kuşların birer ara geçiş formu olmadıkları kesin bir biçimde ispatlanmış oldu. Fosiller, farklı kuş türlerinin birbirlerinden evrimleştiklerini göstermiyorlardı. Aksine, günümüz kuşlarının ve Archæopteryx benzeri bazı özgün kuş türlerinin beraberce yaşadıklarını ispatlıyorlardı. Bu kuşların bazılarının, örneğin Confuciusornis veya Archæopteryx'in soyları tükenmiş, günümüze ancak az sayıdaki kuş gelebilmişti.

Kısacası Archæopteryx'in birtakım özgün özellikleri, bu canlının bir "ara form" olduğunu göstermemektedir. Nitekim bugün evrim teorisinin ünlü savunucularından Harvard paleontologları Stephen Jay Gould ve Niles Eldredge de, Archæopteryx'in farklı özellikleri bünyesinde barındıran bir "mozaik" canlı olduğunu, ama asla bir ara form sayılamayacağını kabul etmektedirler.114