Buraya kadar, gerek Prigogine'in gerekse diğer evrimcilerin iddialarına dikkat edilecek olursa, çok önemli bir temel hataya düştükleri gözlemlenecektir. Evrimciler, termodinamikle evrimi uzlaştırma amacıyla, sürekli olarak madde ve enerji giriş-çıkışı olan sistemlerde (açık sistemler) belli bir düzen oluşabileceğini ispatlamaya çalışmaktadırlar.

Bu noktada iki kilit kavrama açıklık getirilmesi evrimcilerin yanıltıcı yöntemlerinin ortaya konması açısından önemlidir.

Yanıltma, iki farklı kavramın, "düzenli" ve "organize" kavramlarının kasıtlı olarak karıştırılmasıdır.

Bunu şöyle bir örnekle açıklayabiliriz. Deniz kenarında dümdüz uzanan bir kumsal düşünün. Güçlü bir dalga kıyıya vurduğunda, bu kumsalda bazı büyüklü küçüklü kum tepecikleri, kumda dalgalanmalar oluşturur.

Bu bir "düzenleme" işlemidir: Deniz kıyısı açık bir sistemdir ve içeri doğru enerji akışı (dalga) kumsalın başlangıçtaki tekdüze görünümünü basit şekillere sokabilir. Termodinamik anlamda burada eskiye göre bir düzen oluşturabilir. Fakat şunu belirtmek gerekir ki, aynı dalgalar deniz kıyısında kumdan bir kale yapamazlar. Eğer kumdan yapılmış bir kale görürsek, bunu birinin yaptığından eminizdir. Çünkü kale "organize" bir sistemdir. Yani belli bir tasarıma ve bilgi içeriğine (enformasyona) sahiptir. Bilinçli bir kimse tarafından planlı bir biçimde, her parçası düşünülerek yapılmıştır.

Kale ile kum tepeleri arasındaki fark, birincisinin organize bir kompleksliğe, ikincisinin ise sadece basit tekrarlardan oluşan bir düzene sahip olmasıdır. Tekrarlardan oluşan düzen, bir daktilonun klavyesindeki "a" harfinin üzerine bir cisim düştüğü için (yani içeri giren enerji akımı ile) yüzlerce kere "aaaaaaaa..." yazması gibidir. Tabi ki "a"ların bu şekilde tekrarlı bir düzen içerisinde olması ne bir bilgi içerir, ne de herhangi bir komplekslik. Bilgi içeren kompleks bir harf sıralaması (yani anlamlı bir cümle, paragraf ya da kitap) yazmak için, mutlaka bir akla ihtiyaç vardır.

Aynı şey rüzgar, tozlu bir odaya girdiğinde de geçerlidir. Rüzgar odaya girdiğinde, daha önce yere tekdüze olarak yayılmış toz tabakası odanın belli bir kenarına toplanabilir. Bu yine termodinamik anlamda eskisine göre daha düzenli bir ortamdır, fakat toz parçacıkları hiçbir zaman rüzgarın enerjisiyle 'kendi kendilerine organize olarak' odanın tabanında bir insan resmi oluşturamazlar.

Sonuç olarak doğal süreçlerle hiçbir zaman kompleks ve organize sistemler meydana gelemez. Ancak zaman zaman yukarıdaki örneklerdekine benzer basit düzenlemeler oluşabilir. Bu düzenlemeler de belli sınırların ötesine geçemezler.

Ne var ki evrimciler bu şekildeki doğal süreçlerle kendiliğinden ortaya çıkan düzenlenme (self-ordering) olaylarını evrimin çok önemli bir kanıtı gibi sunmakta ve bunları sözde "kendini organize etme" (self-organization) örnekleri gibi göstermektedirler. Bu kavram kargaşası sonucunda da, canlı sistemlerin doğal olaylar ve kimyasal reaksiyonlar sonucunda kendiliğinden meydana gelebileceğini öne sürmektedirler. Az önceki bölümde ele aldığımız Prigogine ve takipçilerinin yöntem ve çalışmaları da bu yanıltıcı mantığa dayalıdır.

Halbuki başta da belirttiğimiz gibi, organize sistemlerle düzenli sistemler birbirlerinden tamamen farklı yapılardır. Düzenli sistemler basit sıralamalar, tekrarlar şeklinde yapılar içerirken, organize sistemler içiçe geçmiş son derece kompleks yapı ve işlevler içerirler. Ortaya çıkmaları için mutlaka bilinç, bilgi ve tasarıma ihtiyaç vardır. Aradaki bu önemli farkı evrimci bilim adamlarından Jeffrey Wicken şöyle tarif eder:

Ilya Prigogine de bu kasıtlı kavram kargaşasına başvurmuş ve içeri doğru enerji akışı sırasında kendi kendine düzenlenen moleküllerin örneklerini, "kendiliğinden organize olma" şeklinde lanse etmiştir. Amerikalı bilim adamları Thaxton, Bradley ve Olsen The Mystery of Life's Origin (Canlılığın Kökeninin Sırrı) adlı kitaplarında, bu durumu aşağıdaki gibi açıklarlar:

Yine aynı bilim adamları, bazı evrimcilerin öne sürdükleri "suyun buz haline gelmesi biyolojik düzenliliğin kendiliğinden ortaya çıkabileceğine örnektir" şeklindeki mantığın sığlığını ve çarpıklığını şöyle açıklarlar:

Tüm kariyerini termodinamiği evrim teorisiyle bağdaştırmaya adamış olan Prigogine dahi, suyun kristalize olmasıyla kompleks biyolojik yapıların ortaya çıkışı arasında bir benzerlik bulunmadığını kabul etmiştir:

Kısacası, hiçbir fiziksel ya da kimyasal etki, canlılığın kökenini açıklayamamakta, "maddenin öz örgütlenmesi" kavramı bir hayal olarak kalmaya devam etmektedir.