Evrimcilerin homoloji tezi, benzer morfolojilere (yapılara) sahip tüm canlılar arasında evrimsel bir ilişki kurma mantığına dayanır. Oysa, aralarında hiçbir evrimsel bağlantı kuramadıkları türlerin de, birbirlerine çok benzeyen (homolog) organları vardır. Kanat, bunun bir örneğidir. Bir memeli olan yarasada kanat vardır, kuşlarda kanat vardır, sineklerde de kanat vardır, ayrıca geçmişte yaşamış uçan sürüngenler de vardır. Fakat, bu dört farklı sınıf arasında evrimciler bile herhangi bir evrimsel bağ, bir akrabalık kuramamaktadırlar.

Bu konudaki bir diğer çarpıcı örnek de farklı canlıların gözlerindeki şaşırtıcı benzerlik ve yapısal yakınlıktır. Örneğin ahtapot ve insan, aralarında hiçbir evrimsel bağlantı kurulamayan, son derece farklı canlılardır. Fakat her ikisinin de gözleri, yapı ve fonksiyon bakımından birbirine çok yakındır. İnsanla ahtapotun benzer gözlere sahip ortak bir ataları olduğunu ise evrimciler bile iddia edememektedirler.

Ahtapotlar, evrimcilerin ortaya attığı "hayat ağacı"na göre insana en uzak canlılardan biridir. Ancak ahtapot gözü ile insan gözü tamamen aynı yapıya sahiptir. Bu durum, benzer yapıların evrime delil olmadığının bir göstergesidir.

Bu durum karşısında, evrimciler bu organların "homolog" (yani ortak bir atadan gelen) organlar değil, "analog" (aralarında evrimsel ilişki olmadığı halde birbirine çok benzeyen) organlar olduğunu söylerler. Örneğin insan gözü ile ahtapot gözü onlara göre analog bir organdır. Ancak bir organı homolog kategorisine mi, yoksa analog kategorisine mi dahil edecekleri sorusu, tamamen evrim teorisinin önkabullerine göre cevaplanır. Bu ise, benzerliklere dayalı evrimci iddianın bilimsel bir yönü olmadığını göstermektedir. Evrimcilerin tek yaptığı, önceden doğru saydıkları olan bir evrim dogmasına göre, karşılarına çıkan bulguları yorumlamaya çalışmaktan ibarettir.

Oysa ortaya koydukları yorum da son derece tutarsızdır. Çünkü "analog" saymak zorunda kaldıkları organlar kimi zaman, olağanüstü derecede kompleks yapılarına rağmen birbirlerine o denli benzerdir ki, bu benzerliğin rastlantısal mutasyonlar sayesinde sağlandığını öne sürmek son derece tutarsızdır. Eğer ahtapotun gözü, evrimcilerin iddia ettiği gibi tamamen tesadüfen ortaya çıkmışsa, nasıl olur da omurgalı gözü de tıpatıp aynı tesadüfleri tekrarlayarak ortaya çıkabilir? Bu soruyu düşünmekten "başı ağrıyan" ünlü evrimci Frank Salisbury şöyle yazmaktadır:

Bir uçan sürüngenin, bir kuşun ve bir yarasanın kanatları. Aralarında hiçbir evrimsel ilişki kurulamayan bu kanatlar, benzer yapılara sahiptirler

Evrimci teoriye göre, kanatlar da birbirinden bağımsız olarak dört kez "tesadüfen" ortaya çıkmıştır: Böceklerde, uçan sürüngenlerde, kuşlarda ve uçan memelilerde (yarasada). Doğal seleksiyon-mutasyon mekanizmalarıyla açıklanamayan kanatların dört kez ayrı ayrı oluşmaları, hem de bu oluşan kanatların birbirine benzer yapılar sergilemeleri, evrimci biyologlar için bir başka baş ağrısı nedeni oluşturur.

Bu konuda evrimci tezi çıkmaza sürükleyen en somut örneklerden biri de, memeli canlılarda ortaya çıkar. Çağdaş biyolojinin ortak kabulüne göre, tüm memeliler iki temel kategoriye ayrılır; plasentalılar ve keseliler (marsupials). Evrimciler, bu ayrımın memelilerin henüz ilk başlangıcında doğduğunu ve her iki kategorinin birbirlerinden tamamen bağımsız olarak ayrı birer evrim tarihi yaşadığını varsayarlar. Ancak ne ilginçtir ki, bu iki kategoride birbirlerinin neredeyse aynı olan "çiftler" vardır. Kurtlar, kediler, sincaplar, karınca yiyenler, köstebekler ve fareler, hem plasentalılar kategorisinde, hem de keseliler kategorisinde birbirlerine çok benzer yapılarıyla bulunmaktadır.241

Başta kangurular olmak üzere Avustralya kıtasında yaşayan memeli canlıların hepsi "keseliler" sınıflamasına dahildir. Evrimcilere göre, dünyanın diğer bölgelerindeki plasentalı memelilerle hiçbir evrimsel ilişkileri yoktur.

Yani evrim teorisine göre, birbirlerinden tamamen bağımsız mutasyonların, bu canlıları ikişer kez "tesadüfen" üretmiş olmaları gerekmektedir! Bu gerçek, evrimciler açısından başağrısının çok ötesinde sıkıntılar yaratacak bir sorundur.

Plasentalı ve keseli memeliler arasındaki ilginç benzerliklerden biri, Kuzey Amerika kurdu ile Tazmanya kurdu arasındadır. Bu canlılardan ilki plasentalılar, ikincisi ise keseliler sınıflamasına dahildir. Evrimci biyologlar, bu iki farklı canlı türünün tamamen ayrı birer evrim tarihine sahip olduklarına inanırlar.242 (Avustralya kıtasının ve çevresindeki adaların Antartika'dan ayrılmasından itibaren, keseli ve plasentalı memelilerin ilişkilerinin kesildiği varsayılır ve bu dönemde hiçbir kurt türü yoktur.) Ancak ilginç olan, Tazmanya kurdu ile Kuzey Amerika kurdunun iskelet yapılarının neredeyse tamamen aynı olmasıdır. Özellikle kafatasları, yan sayfadaki şekilde görüldüğü gibi, birbirlerine olağanüstü derecede benzerdir.

Evrimci biyologların "homoloji" örneği olarak kabul edemedikleri bu gibi olağanüstü benzerlikler, benzer organların, ortak atadan evrimleşme tezine delil oluşturmadığını göstermektedir. Daha da ilginç olan, bazı canlılarda da bunun tam tersi bir durumun gözlemlenmesidir. Yani evrimciler tarafından çok yakın akraba sayıldıkları halde, bazı organları tamamen farklı yapılara sahip canlılar vardır. Örneğin kabuklular sınıfındaki türlerin çok büyük bölümünde, "kırılma tipi" mercekli göz yapısı vardır. Kabukluların sadece iki türü, ıstakoz ve karideste ise, bu göz yapısından tamamen farklı olan "yansıtma tipi" aynalı göz bulunur. (Bkz. İndirgenemez Komplekslik bölümü)

HOMOLOJİYE MEYDAN OKUYAN MEMELİLER TAZMANYA KURDU VE KUZEY AMERİKALI BENZERİ Keseli memeliler ile plasentalı memeliler arasında "ikiz" türlerin bulunması, homoloji iddiasına çok büyük bir darbedir. Örneğin üstteki keseli Tazmanya kurdu ile, Kuzey Amerika'da yetişen plasentalı kurt, birbirlerine olağanüstü derecede benzerdir. Yanda, bu iki canlının birbirlerine çok benzeyen kafatasları yer alıyor. Hiçbir "evrimsel akrabalık" öne sürülemeyen iki canlı arasında bu denli benzerlik olması, homoloji iddiasını temelsiz bırakmaktadır. Kuzey Amerika kurdunun kafatası Tazmanya kurdunun kafatası DEV DİŞLERE SAHİP İKİ İLGİSİZ MEMELİ Plasentali ve keseli memeliler arasındaki olağanüstü derecede benzer "ikiz"lerin bir diğer örneği, her ikisi de dev öndişlere sahip olan yırtıcı birer memeli olan Smilodon (sagda) ve Thylacosmilus'dur. (solda) Aralarında hiçbir evrimsel bağlantı kurulamayan bu canlıların kafatası ve diş yapılarının olağanüstü derecede benzer oluşu, benzer yapıların evrime delil oluşturduğu yönündeki homoloji anlayışını yine açmaza sokmaktadır.