Homoloji iddiasını asıl çürüten bulgu, "homolog" olarak kabul edilen organların hemen hepsinin çok farklı genetik şifreler tarafından kontrol edilmesidir. Bilindiği gibi evrim teorisi canlıların genlerde oluşan rastlantısal ve küçük değişimlerle, yani mutasyonlarla geliştiğini öne sürer. Dolayısıyla birbirlerinin yakın evrimsel akrabası sayılan canlıların da genetik yapıları benzemelidir. Özellikle de benzer organları, birbirine yakın bir gen yapısı tarafından kontrol edilmelidir. Oysa genetik araştırmalar, bu evrimci tezle tamamen çelişen bulgular ortaya koymuştur.

Benzer organlar, çoğunlukla çok farklı genetik kodlar (DNA şifreleri) tarafından belirlenmektedirler. Bunun yanısıra, farklı canlıların DNA'larındaki benzer genetik kodlar da, çok farklı organlara karşılık gelmektedirler. Michael Denton, Evolution: A Theory in Crisis isimli kitabının "The Failure of Homology" (Homolojinin Çöküşü) başlıklı bölümünde bu konuda pek çok örnek verir ve konuyu şöyle özetler:

Bu genetik sorunu, ünlü evrimci biyolog De Beer tarafından da dile getirilmiştir. De Beer, 1971 yılında yayınlanan Homology: An Unsolved Problem (Homoloji: Çözülmemiş Bir Sorun) adlı kitabında bu konuda çok kapsamlı bir analiz ortaya koymuş ve homolojinin evrim teorisi açısından neden sorun olduğunu şöyle özetlemiştir:

De Beer'in bu sözleri söylemesinden yaklaşık 30 sene geçmiş olmasına rağmen soru hala cevapsızdır.

Homoloji iddiasını çürüten üçüncü delil ise, başta belirttiğimiz embriyolojik gelişim konusudur. Homoloji konusundaki evrimci tezin ciddi sayılabilmesi için, benzer yapıların embriyolojik gelişim süreçlerinin, yani yumurtadaki ya da anne karnındaki gelişim aşamalarının da paralel olmaları gerekir. Oysa benzer organlar için bu embriyolojik süreç her canlıda birbirinden farklıdır. Bir biyolog olarak Pere Alberch de bu konuda şu tesbiti yapmaktadır:

Benzer yapıların birbirine hiç benzemeyen süreçler sonucu ortaya çıkışına, gelişme evresinin son dönemlerinde de sık rastlanır. Bilindiği gibi birçok hayvan türü, erişkinliğe giden yolda, "dolaylı gelişim" olarak bilinen bir süreçten, yani larva döneminden geçmektedir. Örneğin, birçok kurbağa hayata yüzen tetarlar olarak başlar ve metamorfozun en son döneminde dört ayaklı bir hayvana dönüşür. Bununla birlikte, larva dönemini pas geçen ve doğrudan gelişen birçok kurbağa türü de vardır. Ancak doğrudan gelişen söz konusu kurbağa türlerinin çoğunun erişkinleri, tetra evresinden geçerek gelişen diğer kurbağa türlerinden neredeyse hiç ayırt edilemezler. Aynı olaya, deniz kestanelerinde ve diğer bazı benzer türlerde rastlanır.246

Kısacası genetik ve embriyolojik araştırmalar, Darwin'in "canlıların ortak bir atadan evrimleştiklerinin delili" şeklinde tarif ettiği homoloji kavramının, gerçekte hiçbir şekilde bu tarife delil oluşturmadığını göstermektedir. Homoloji, yüzeysel bir bakışla "ikna edici" gibi görünen, ama kapsamlı olarak incelendiğinde tutarsızlığı açıkça ortaya çıkan bir evrimci yanılgıdır.