Evrimcilerin sadece morfolojik düzeyde değil, moleküler düzeyde öne sürdükleri homoloji iddiası da geçersizdir. Evrimciler, farklı canlı türlerinin DNA şifrelerinin ya da protein yapılarının benzer olduğundan söz ederler ve bunu, bu canlı türlerinin birbirlerinden evrimleştiklerinin delili olarak yorumlarlar. Örneğin evrimci yayınlarda sık sık "insan DNA'sı ile maymun DNA'sı arasında büyük bir benzerlik" olduğu söylenir ve bu, insan ile maymun arasında evrimsel bir ilişki olduğu iddiasının kanıtı gibi sunulur.

Öncelikle belirtmek gerekir ki, yeryüzünde yaşayan canlıların birbirlerine yakın DNA yapısına sahip olmaları beklenmedik bir durum değildir. Canlıların temel yaşamsal işlevleri birbiriyle aynıdır ve insan da canlı bir bedene sahip olduğuna göre, diğer canlılardan farklı bir DNA yapısına sahip olması beklenemez. İnsan da diğer canlılar gibi proteinlerle beslenerek gelişir, onun da vücudunda kan dolaşır, hücrelerinde her saniye oksijen kullanılarak enerji üretilir.

Dolayısıyla canlıların genetik benzerliklere sahip olmaları, ortak bir atadan evrimleştikleri iddiasına delil olarak gösterilemez. Evrimciler, eğer ortak atadan evrimleşme teorisini delillendirmek istiyorlarsa, birbirinin atası olduğu iddia edilen canlıların moleküler yapılarında da bir ata-torun ilişkisi olduğunu göstermek zorundadırlar. Oysa, birazdan inceleyeceğimiz gibi, bu yönde hiçbir somut bulgu yoktur.

İlk olarak "insan DNA'sı ile maymun DNA'sı arasındaki benzerlik" konusunu ele alalım. Eğer bu konuda biraz daha geniş bir araştırma yapılırsa, çok daha ilginç başka canlıların DNA'sının da insanınkine benzerlik gösterdiği görülebilir. Bu benzerliklerden biri, insan ile nematod filumuna ait solucanlar arasındadır. New Scientist dergisinde aktarılan genetik analizler, nematod solucanları ve insan DNA'larında %75'lik bir benzerlik ortaya koymuştur.250 Bu elbette insan ile nematodlar arasında sadece %25'lik bir farklılık bulunduğu anlamına gelmemektedir! Eğer evrimcilerin kurguladığı soy ağacına bakılırsa, insanın dahil edildiği Chordata filimu ile Nematoda filumlarının 530 milyon yıl önce bile birbirlerinden ayrı oldukları görülür. Bu durum açıkça göstermektedir ki, iki farklı canlı kategorisinin DNA zincirlerindeki benzerlik, bu canlıların ortak bir atadan evrimleştikleri iddiasına delil oluşturmamaktadır.

Evrimcilerin "insan ile maymun arasındaki genetik benzerlik" konusunda kullandıkları örneklerden bir diğeri, insanda 46, şempanze ve gorillerde ise 48 kromozom bulunmasıdır. Evrimciler, kromozom sayılarının yakınlığını evrimsel bir ilişkinin göstergesi sayarlar. Oysa eğer evrimcilerin kullandığı bu mantık doğru olsaydı, insanın maymun kadar yakın bir akrabasının daha olması gerekirdi: "Patates"! Çünkü patatesin kromozom sayısı goril ve şempanzenin kromozom sayısıyla eşittir: 48. Bu durum, DNA benzerliğinin evrime kanıt oluşturmayacağının çarpıcı bir göstergesidir.

Kromozom sayılarına ve DNA yapılarına göre yapılan karşılaştırmalar, farklı canlı türleri arasında hiçbir evrimsel akrabalık ilişkisi kurulamadığını göstermektedir.

Nitekim farklı türlere ve sınıflara ait canlıların DNA ve kromozom analizleri sonucunda elde edilen bulgular karşılaştırıldığında, canlıların DNA ve kromozomlarındaki benzerliklerin ya da farklılıkların, öne sürülen hiçbir evrimci mantık ya da bağlantıyla uyuşmadığı çok açık bir biçimde ortaya çıkmaktadır. Evrimci teze göre canlıların kompleksliklerinde kademeli bir artış yaşanmış olmalı, buna paralel olarak da genetik bilgilerini oluşturan kromozomlarının sayısının kademeli olarak artması beklenmelidir. Fakat elde edilen veriler bu tezin tamamen hayal ürünü olduğunu göstermektedir. Örneğin, domatesin 24 kromozomu varken, çok daha kompleks bir organizmaya ve sistemlere sahip olan copepode yengecinin sadece 6 koromozomu vardır. Ya da, tek hücreli bir canlı olan Euglena'da 45 kromozom bulunurken, Amerika'da yaşayan büyük bir timsah türü olan alligatörde 32 kromozom bulunur. Bununla birlikte mikroskobik bir canlı olan Radiolaria'da 800'den fazla kromozom vardır. Yanlış okumadınız, "800"den fazla...

Evrimin ünlü teorisyenlerinden Rus bilim adamı Dobzhansky, canlılar ve DNA'ları arasındaki bu kuralsız ilişkinin evrimin açıklayamadığı büyük bir sorun olduğunu şöyle ifade etmektedir:

Yine evrimci homoloji tezine göre, canlı büyüdükçe kromozom sayısının artması, küçüldükçe ise kromozom sayısının azalması beklenmelidir. Oysa birbirileriyle bütünüyle farklı boyut ve yapılara sahip olan ve aralarında herhangi bir evrimsel bağlantı olduğu iddia bile edilemeyen canlıların eşit sayıda kromozomlara sahip olmaları, canlıların kromozom benzerlikleri üzerine kurulan yüzeysel evrimci mantıkları alt üst etmektedir. Buna birkaç örnek verecek olursak, hem yulaf bitkisinin hem de makak maymununun 42'şer kromozomu vardır. Deer faresinin 48 kromozomu bulunurken kendisinden kat kat büyük olan gorilin de aynı sayıda, yani 48 kromozomu bulunur. Bir diğer ilginç örnek de çingene güvesi ve eşeğin kromozom sayılarıdır. Her ikisi de 62 kromozoma sahiptir.

Moleküler düzeydeki diğer karşılaştırmalar da, evrimci yorumları anlamsız kılan pek çok tutarsızlık örneği oluşturmaktadır. Çeşitli canlılardaki protein dizilimleri laboratuvarlarda analiz edildikçe, ortaya evrimciler açısından hiç beklenmedik, hatta kimi zaman hayret verici sonuçlar çıkmaktadır. Örneğin insandaki Sitokrom-C proteini bir atınkinden 14 amino asit farklıyken, bir kangurununkinden yalnızca 8 amino asit farklıdır. Yine Sitokrom-C dizilimi incelendiğinde, kaplumbağaların insanlara kendileri gibi bir sürüngen olan çıngıraklı yılanlardan daha yakın olduğu görülür. Bu durum evrimci bakış açısına göre yorumlandığında kaplumbağaların insanlarla yılanlardan daha yakın akraba oldukları gibi anlamsız bir sonuç çıkcaktır.

Her ikisi de sürüngenler sınıfına dahil olan kaplumbağa ve çıngıraklı yılanın arasında 100 kodonda 21 amino asitlik fark, çok ayrı sınıfların temsilcileri arasındaki farklardan belirgin bir şekilde daha büyüktür. Örneğin, tavuk ve su yılanı arasındaki 17, veya at ve köpekbalığı arasındaki 16, hatta iki ayrı filuma ait köpek ve solucan sineği arasındaki 15 amino asitlik farktan bile daha büyüktür.

Benzer gerçekler hemoglobin için de bulunmuştur. Bu proteinin insandaki dizilimi lemurunkinden 20 amino asit farklı iken, domuzdakinden yalnızca 14 amino asit farklıdır. Durum diğer proteinler için de yaklaşık olarak aynıdır.252

Evrimcilerin bu durumda, insanın evrimsel olarak kanguruya, attan daha yakın olması ya da domuzla lemurdan daha yakın akraba olduğu gibi sonuçlara varmaları gerekir. Oysa bu sonuçlar, şimdiye kadar kabul edilmiş tüm "evrimsel soy ağacı" şemalarına aykırıdır. Protein benzerlikleri şaşırtıcı sürprizler doğurmaya devam etmektedir. Örneğin:

Yine, bu benzerliklere evrimci bir mantıkla yaklaşıldığı takdirde, insanın en yakın evrimsel akrabasının tavuk olduğu gibi saçma bir sonuca varmamız gerekmektedir. Paul Ehrlich, moleküler analizlerin çok farklı canlı sınıflarını birbirine yakın gibi gösteren sonuçlar verdiğini şöyle vurgular:

Yaklaşık aynı yapı ve fonksiyonlara sahip proteinlere (homolog proteinler), filogenetik olarak değişik, hatta birbirinden çok farklı canlı sınıflarında gittikçe artan sayılarda rastlanmaktadır (örneğin, omurgalılardaki, bazı omurgasızlardaki ve hatta bazı bitkilerdeki hemoglobin gibi).254

South Carolina Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden biyokimya araştırmacısı Dr. Christian Schwabe, moleküler alanda evrime delil bulabilmek için uzun yıllarını vermiş bir bilim adamıdır. Özellikle insülin ve relaxin türü proteinler üzerinde incelemeler yaparak canlılar arasında evrimsel akrabalıklar kurmaya çalışmıştır. Fakat çalışmalarının hiçbir noktasında evrime herhangi bir delil elde edemediğini pek çok kereler itiraf etmek zorunda kalmıştır. Science dergisindeki bir makalesinde şöyle demektedir:

Schwabe'nin relaxinler üzerinde yaptığı çalışmalar oldukça ilginç sonuçlar ortaya koymuştur:

Moleküler düzeyde hiçbir organizma bir diğerinin "atası" değildir, diğerinden daha "ilkel" ya da "gelişmiş" de değildir..

Schwabe, canlılardaki lizozimler, sitokromlar ve pek çok hormonların da amino asit dizilimlerinin karşılaştırılmasının evrimciler açısından "beklenmedik sonuçlar ve anormallikler" ortaya koyduğunu belirtmektedir. Schwabe, tüm bu kanıtlara dayanarak, proteinlerin hepsinin hiçbir evrim geçirmeden başlangıçtaki yapılarına sahip olduklarını, ve moleküller arasında, aynı fosiller arasında olduğu gibi, hiçbir ara geçiş formu bulunmadığını savunmaktadır.

Michael Denton da moleküler biyoloji alanında elde edilen bulgulara dayanarak şu yorumu yapar:

Özetlemek gerekirse, canlılardaki benzer organlar ya da benzer moleküler yapılar, bu canlıların ortak bir atadan evrimleştikleri teorisine hiçbir destek sağlamamaktadır. Aksine, bu benzerlikler, canlılar arasında kurulabilecek her türlü hiyerarşik evrim şemasını imkansız hale getirmektedir. İnsan, bir protein karşılaştırmasına göre tavuklara, bir diğer karşılaştırmaya göre nematod solucanlarına, bir başka analize göre de timsahlara "benzer" gibi çıkıyorsa, insanın bu canlılardan herhangi birinden ya da başka hiçbir canlıdan evrimleştiği öne sürülemez.

Kısacası, canlılarda anatomik ya da kimyasal benzerlikler arayan bunu evrime delil saymaya çalışan homoloji varsayımı, bilimsel bulgular karşısında geçersizdir.

Peki bu durumda canlılardaki benzer yapıların bilimsel açıklaması nasıl yapılabilir? Bu sorunun cevabı, Darwin'in evrim teorisi bilim dünyasına hakim olmadan önce verilmiştir. Canlılardaki benzer organları ilk kez gündeme getiren Carl Linneaus ya da Richard Owen gibi bilim adamları, bu organları "ortak tasarım" örneği olarak görmüşlerdir. Yani benzer organlar, ortak bir atadan tesadüfen evrimleştikleri için değil, belirli bir işlevi görmek için bilinçli bir şekilde tasarlanmış oldukları için benzerdir.

Modern bilimsel bulgular ise, benzer organlar için ortaya atılan "ortak ata" iddiasının tutarlı olmadığını ve yapılabilecek yegane açıklamanın söz konusu "ortak tasarım" açıklaması olduğunu göstermektedir.