Darwinist teoriyi bilimsel bulgular karşısında sorgularken başvurulması gereken en temel kaynaklardan biri, kuşkusuz Darwin'in kendi koyduğu kıstaslardır. Darwin, teorisini ortaya atarken, bu teorinin nasıl yanlışlanabileceğine dair bir takım somut ölçüler de ortaya koymuştur. Türlerin Kökeni kitabında, pek çok yerde, "eğer teorim doğruysa" diye başlayan pasajlar yer alır ve Darwin, bu pasajlarda teorisinin gerektirdiği bulguları tarif eder.

Darwin'in "eğer teorim doğruysa" diye başlayan söz konusu kıstaslarının önemli bir kısmı fosillerle ve "ara form"larla ilgilidir. Darwin'in bu yöndeki kehanetlerinin gerçekleşmediğini, aksine fosil kayıtlarının Darwinizm'in tam aksi bir sonuç ortaya çıkardığını önceki bölümlerde inceledik.

Bunların yanında, Darwin bizlere teorisini test etmek için çok önemli bir kıstas daha vermiştir. Öyle ki, bu kıstas, Darwin'in teorisini "kesinlikle yıkabilecek" kadar somuttur. Darwin şöyle yazmıştır:

Darwin'in buradaki kastını iyi incelemek gerekir. Bilindiği gibi, Darwinizm canlıların kökenini iki bilinçsiz doğa mekanizması ile açıklamaktadır: Doğal seleksiyon ve rastlantısal değişiklikler (yani mutasyonlar). Darwinist teoriye göre, bu iki mekanizma, canlı hücresinin kompleks yapısını, kompleks canlıların vücut sistemlerini, gözleri, kulakları, kanatları, akciğerleri, yarasaların sonarını ve daha milyonlarca karmaşık tasarımlı sistemi meydana getirmiştir.

Ancak son derece kompleks yapılara sahip olan bu sistemler, nasıl olur da iki bilinçsiz doğal etkenin ürünü sayılabilir? İşte bu noktada Darwinizm'in başvurduğu kavram, "indirgenebilirlik" kavramıdır. Söz konusu sistemlerin çok daha basit hale indirgenebileceklerini ve sonra da kademe kademe gelişmiş olabilecekleri iddia edilir. Her kademe, canlıya biraz daha avantaj sağlayacak, böylece doğal seleksiyon tarafından seçilecektir. Daha sonra tesadüfen küçük bir gelişme daha olacak, bu da avantaj sağlayıp seçilecek ve bu süreç devam edecektir. Bu sayede, Darwinizm'in iddiasına göre, önceden gözü olmayan bir canlı türü kusursuz bir göze sahip olacak, önceden uçamayan bir başka tür de kanatlanıp uçar hale gelecektir.

Bu hikaye evrimci kaynaklarda çok ikna edici ve makul bir hikaye gibi anlatılır. Oysa biraz detayına inildiğinde, ortada çok büyük bir yanılgı olduğu görülmektedir. Bu yanılgının birinci yönü, kitabın önceki sayfalarında incelediğimiz bir konudur: Mutasyonların geliştirici değil, tahrip edici bir mekanizma oluşu. Yani canlılara isabet edecek rastlantısal mutasyonların bu canlılara "avantaj" sağlamaları, hem de bunu binlerce kez üstüste yapmaları, tüm bilimsel gözlemlere aykırı bir hayaldir.

Ancak yanılgının bir de çok önemli bir yönü daha vardır. Dikkat edilirse, Darwinist teori, bir noktadan bir başka noktaya (örneğin kanatsız canlıdan kanatlı canlıya) doğru giden aşamaların hepsinin tek tek "avantajlı" olmasını gerektirmektedir. A'dan Z'ye doğru gidecek bir evrim sürecinde, B, C, D... U, Ü, V ve Y gibi tüm "ara" kademelerin canlıya mutlaka avantaj sağlaması gerekmektedir. Doğal seleksiyon ve mutasyonun bilinçli bir şekilde önceden hedef belirlemeleri mümkün olmadığına göre, tüm teori canlı sistemlerinin avantajlı küçük kademelere "indirgenebileceği" varsayımına dayanmaktadır.

İşte Darwin bu nedenle "eğer birbirini takip eden çok sayıda küçük değişiklikle kompleks bir organın oluşmasının imkansız olduğu gösterilse, teorim kesinlikle yıkılmış olacaktır" demiştir.

Darwin, 19. yüzylın ilkel bilim düzeyi içinde canlıların indirgenebilir bir yapıda olduklarını düşünmüş olabilir. Ancak 20. yüzyılın bilimsel bulguları, gerçekte canlılardaki pek çok sistem ve organın, basite indirgenemez olduklarını ortaya koymuş durumdadır. "İndirgenemez komplekslik" adı verilen bu olgu, Darwinizm'i, tam da Darwin'in endişe ettiği gibi "kesinlikle" yıkmaktadır.