İndirgenemez komplekslik kavramını bilim dünyasının gündemine taşıyan en önemli isim, ABD'deki Lehigh Üniversitesi'nden biyokimyacı Michael J. Behe'dir. Behe, 1996 yılında yayınlanan Darwin's Black Box: The Biochemical Challange to Evolution adlı kitabında, canlı hücresinin ve diğer bazı biyokimyasal yapıların indirgenemez kompleks yapısını incelemekte ve bunların evrimle açıklanmasının imkansız olduğunu açıklamaktadır. Behe'ye göre, canlılığın kökeninin gerçek açıklaması, "bilinçli tasarım"dır. (Intelligent Design)

Behe'nin kitabı Darwinizm'e karşı çok büyük bir darbedir. Nitekim Notre Dame Üniversitesi'nden Felsefe Profesörü Peter van Inwogen, bu kitabın önemini şöyle vurgulamıştır:

Behe'nin kitabında indirgenemez kompleks sistemlere verdiği ilginç örneklerden biri, bakteri kamçısıdır.

Bu organ, bazı bakteriler tarafından sıvı bir ortamda hareket edebilmek için kullanılır. Organ, bakterinin hücre zarına tutturulmuştur ve canlı ritmik bir biçimde dalgalandırdığı bu kamçıyı bir palet gibi kullanarak dilediği yön ve hızda yüzebilir.

Bu bir elektrik motorudur. Ama bu elektrik motoru bir ev aletinde ya da taşıtta değil, bir bakterinin üzerinde yer alır. Bakteriler milyonlarca yıldır sahip oldukları bu motor sayesinde "kamçı" adı verilen organlarını hareket ettirir ve su içinde yüzerler. Bakteri kamçısının motoru 1970'lerde keşfedilmiş ve bilim dünyasını şaşkına çevirmiştir. Çünkü yaklaşık 250 ayrı moleküler parçadan oluşan bu "indirgenemez kompleks" organın Darwin'in öne sürdüğü rastlantı mekanizmaları ile açıklanması imkansızdır.

Bakterilerin kamçısı, uzun zamandır bilinmektedir. Ancak son 10 yıl içindeki gözlemler, bu kamçının detaylı yapısını ortaya çıkarınca bilim dünyası şaşkına dönmüştür. Çünkü kamçının, önceden sanıldığı gibi basit bir titreşim mekanizmasıyla değil, çok karmaşık bir "organik motor" ile çalıştığı ortaya çıkmıştır.

Bakterinin hareketli motoru, elektrik motorlarıyla aynı mekanik özelliğe sahiptir. İki ana bölüm söz konusudur: Bir hareketli kısım (rotor) ve bir durağan kısım (stator).

Bu organik motor, mekanik hareketler oluşturan diğer sistemlerden farklıdır. Hücre, içinde ATP molekülleri halinde saklı tutulan hazır enerjiyi kullanmaz. Bunun yerine kendine özel bir enerji kaynağı vardır: Bakteri, zarından gelen bir asit akışından aldığı enerjiyi kullanır. Motorun kendi iç yapısı ise olağanüstü derecede komplekstir. Kamçıyı oluşturan yaklaşık 240 ayrı protein vardır. Bunlar kusursuz bir mekanik tasarımla yerlerine yerleştirilmiştir. Bilim adamları kamçıyı oluşturan bu proteinlerin, motoru kapatıp açacak sinyalleri gönderdiklerini, atom boyutunda harekete imkan sağlayan mafsallar oluşturduklarını ya da kırbacı hücre zarına bağlayan proteinleri hareketlendirdiklerini belirlemişlerdir. Motorun işleyişini basitleştirerek anlatmak amacıyla yapılan modellemeler bile sistemin karmaşıklığının anlaşılması için yeterlidir.

Sadece bakteri kamçısının bu kompleks yapısı dahi tüm bir evrim teorisini çökertmek için yeterlidir. Çünkü kamçı hiçbir şekilde basite indirgenemeyecek bir yapıdadır. Kamçıyı oluşturan moleküler parçaların tek bir tanesi bile olmasa, ya da kusurlu olsa, kamçı çalışmaz ve dolayısıyla bakteriye hiçbir faydası olmaz. Bakteri kamçısının ilk var olduğu andan itibaren eksiksiz olarak işlemesi gerekmektedir. Bu gerçek karşısında evrim teorisinin "kademe kademe gelişim" iddiasının anlamsızlığı, bir kez daha açıkça ortaya çıkmaktadır. Nitekim bugüne kadar hiçbir evrimci biyolog, bakterinin kamçısının kökenini açıklamayı denememiştir bile.

Bakteri kamçısı, evrimcilerin "en ilkel canlılar" saydığı bakterilerde dahi, olağanüstü tasarımlar bulunduğunu gösteren önemli bir gerçektir. Canlılığın detaylarına inildikçe, Darwin'in 19. yüzyılın ilkel bilim düzeyi içinde basit yapılar sandığı organların ne denli kompleks yapılar olduğu görülmektedir.