Michael Behe, Darwin's Black Box adlı kitabında, canlı hücresi yapısının ve tüm diğer biyokimyasal sistemlerin Darwin ve çağdaşları için bilinmeyen bir "kara kutu" olduğunu vurgular. Darwin, bu kara kutuların çok basit yapılara sahip olduklarını ve rastlantılarla oluşabileceklerini varsaymıştır. Oysa modern biyokimya, bu kara kutuları açmıştır ve canlılığın indirgenemez kompleks yapısını gözler önüne sermiştir. Behe, Darwin'in gözün oluşumu hakkındaki yorumlarının da, 19. yüzyılın söz konusu ilkel bilim düzeyi nedeniyle bazılarına "ikna edici" göründüğünü belirtmektedir:

Peki Darwin'in basit bir yapı olarak görüp geçiştirdiği bu sistem gerçekte nasıl çalışır? Gözün retina takabasındaki hücreler, üzerlerine gelen ışık parçacıklarını nasıl algılarlar?

Sorunun cevabı oldukça karmaşıktır. Fotonlar retinadaki hücrelere çarptıklarında, adeta birbiri ardına ustaca dizilmiş domino taşlarını harekete geçirirler. Bu domino taşlarının ilki, "11-cis-retinal" ismi verilen ve fotonlardan etkilenen bir moleküldür. Kendisine foton isabet ettiği anda 11-cis-retinal molekülü şekil değiştirir. Bu şekil değişikliği, 11-cis-retinal'e bağlı olan "rodopsin" adlı proteinin de şeklini değiştirir. Rodopsin, bu sayede, daha önce hücre içinde yer alan ama şeklinin uyumsuzluğu nedeniyle etkileşim içine giremediği "transdusin" adlı bir başka proteinle birleşebilecek hale gelir.

Transdusin, rodopsinle tepkimeye girmeden önce GDP isimli bir başka moleküle bağlıdır. Rodopsin'e bağlandığı anda, GDP'den ayrılır ve GTP isimli yeni bir moleküle bağlanır. Artık 2 protein (rodopsin ve transdusin) ve 1 kimyasal molekül (GTP) birbirine bağlanmış durumdadır. Bu yeni yapının tümüne "GTP-transdusinrodopsin" ismi verilir.

Ancak daha işlem yeni başlamıştır. GTP-transdusinrodopsin adlı yeni birleşim, hücrenin içinde önceden beri var olan "fosfodiesteraz" adlı bir başka proteinle bağlanmaya uygun bir yapıdadır. Bu bağlanma zaman geçirilmeden hemen yapılır. Bu bağlanmanın sonucunda ise fosfodiesteraz proteini, yine daha önceden hücre içinde var olan cGMP isimli bir molekülü parçalama özelliği kazanır. Bu işlem bir kaç tane değil, milyonlarca protein tarafından gerçekleştirildiği için, hücrenin içindeki cGMP oranı hızla düşer.

Peki tüm bunların görmeyle ilgisi nedir? Bu sorunun cevabını bulmak için, bu ilginç kimyasal reaksiyon zincirinin son aşamasına bakalım. Hücrenin içindeki cGMP yoğunluğunun düşmesi, hücrenin içindeki "iyon kanalları"nı etkileyecektir. İyon kanalları dediğimiz şey, hücre içindeki sodyum iyonlarının sayısını düzenleyen proteinlerdir. Normalde cGMP molekülleri, hücreye dışarıdan sodyum iyonları taşımakta, bir başka molekül de fazla iyonları dışarı atmakta ve böylece denge sağlanmaktadır. Ancak cGMP moleküllerinin sayısı azalınca, hücredeki sodyum iyonlarının da sayısı azalır. Bu sayı azalması, hücre içinde elektriksel bir dengesizlik meydana getirir. Bu eletriksel dengesizlik, hücreye bağlı olan sinir hücrelerini etkiler ve bizim "elektrik uyarısı" dediğimiz şey oluşur. Sinirler bunları beyne aktarır ve orada da "görme" dediğimiz işlem yaşanır.300

Kısacası tek bir foton, retinadaki hücrelerin tek birisine çarpmış ve birbirini izleyen zincirleme reaksiyonlar sayesinde hücrenin bir elektrik uyarısı üretmesini sağlamıştır. Bu uyarı, fotonun enerjisine göre değişir, böylece bizim "güçlü ışık", "zayıf ışık" dediğimiz kavramlar oluşur. İşin en ilginç yanlarından birisi, üstte anlattığımız tüm bu karmaşık reaksiyonların, saniyenin en fazla binde biri kadarlık kısa bir sürede olup bitmesidir. Daha da ilginç olan bir nokta, bu zincirleme reaksiyon tamamlandığı anda, hücre içindeki özel bazı proteinlerin, 11-cis-retinal, rodopsin, transdusin gibi unsurları tekrar eski hallerine döndürmüş olmasıdır. Çünkü göze her an yeni fotonlar çarpmaktadır ve hücredeki zincirleme sistem, bu fotonların her birini yeniden algılamalıdır.

Burada kısaca özetlediğimiz bu görme işleminin aslında çok daha karmaşık detayları vardır. Ancak bu kaba taslak özet bile, ne kadar muhteşem bir sistemle karşı karşıya olduğumuzu göstermeye yeter. Gözün içinde öylesine karmaşık, öylesine iyi hesaplanmış bir sistem vardır ki, bu sistemin rastlantılarla ortaya çıkabileceğini iddia etmek açıkça akıl dışıdır. Sistem, tümüyle indirgenemez kompleks bir yapıya sahiptir. Eğer birbirleri ile zincirleme reaksiyona giren çok sayıda moleküler parçanın tek biri eksik olsa, ya da uygun yapıya sahip olmasa, sistem hiçbir şekilde işlev görmeyecektir.

Bu sistemin Darwinizm'in canlılığa getirdiği "tesadüf" açıklamasına büyük bir darbe indirdiği açıktır. Michael Behe, gözün kimyası ve evrim teorisi hakkında şu yorumu yapmaktadır:

Gözün indirgenemez kompleks yapısı, bir yandan Darwinist teoriyi Darwin'in deyimiyle "kesinlikle yıkarken", bir yandan da canlılığın çok üstün bir tasarımla yaratıldığını göstermektedir.