Darwinizm ile genetik bilimini bir şekilde uyuşturmayı hedefleyen bir grup bilim adamı, 1941 yılında Amerikan Jeoloji Derneği'nin düzenlediği bir toplantıda bir araya geldiler. G. Ledyard Stebbins ve Theodosius Dobzhansky gibi genetikçilerin, Ernst Mayr ve Julian Huxley gibi zoologların, George Gaylord Simpson ve Glen L. Jepsen gibi paleontologların uzun tartışmalar sonucunda vardıkları sonuç, Darwinizm'e yeni bir yorum getirmek oldu.

Bu kişiler, genetik kanunlarının ortaya koyduğu "genetik sabitlik"gerçeğine karşı, Hollandalı botanikçi Hugh de Vries tarafından yüzyılın başında ortaya atılan "mutasyon" kavramını kullandılar. Mutasyonlar, bilinmeyen nedenlerle canlıların kalıtım mekanizmalarında meydana gelen bozukluklardı. Mutasyon geçiren canlılar, ebeveynlerinden aldıkları genetik bilginin dışında, bazı anormal yapılar geliştiriyorlardı.

Neo-Darwinizm'in mimarları: Theodosius Dobzhansky, Ernst Mayr and Julian Huxley.

İşte Amerikan Jeoloji Derneği'nde toplanan bilim adamları bu mutasyon kavramını benimsediler ve Darwin'in Lamarck'a dayanarak cevaplamaya çalıştığı "canlıları geliştiren yararlı değişikliklerin kaynağı nedir?" sorusuna, "rastgele mutasyonlar" cevabını verdiler. Darwin'in doğal seleksiyon tezine mutasyon kavramının eklenmesiyle ortaya çıkan bu yeni teoriye de "Modern Sentetik Evrim Teorisi" adını koydular. Kısa sürede bu yeni teori "neo-Darwinizm"olarak bilindi ve teoriyi ortaya atanlar da "neo-Darwinistler" olarak anılmaya başlandılar.

Ancak önemli bir sorun vardı: Mutasyonların canlıların genetik bilgisini değiştirdiği doğruydu, ama bu değişim hep olumsuz yönde oluyordu. Gözlemlenen tüm mutasyonlar, ortaya sakat, hastalıklı, zayıf bireyler çıkarıyor, kimi zaman da doğrudan ölüme neden oluyordu. Bu nedenle neo-Darwinistler çok sayıda deney ve gözlem yaparak canlıların genetik bilgisini geliştiren "yararlı mutasyon" örnekleri elde etmeye çalıştılar. Meyve sinekleri ve diğer bazı türler üzerinde on yıllar süren mutasyon denemeleri yapıldı. Ancak bu deneylerde hiçbir zaman mutasyonların canlıların genetik bilgisini geliştirdiği gözlemlenemedi.

Bugün hala mutasyon konusu Darwinizm için büyük bir açmazdır. Darwinizm'in "yararlı değişiklikler" in yegane kaynağı olarak gösterdiği mutasyonların, gerçek anlamda hiçbir yararlı (genetik bilgiyi geliştiren) örneği gözlemlenememektedir. Bu konuyu bir sonraki bölümde ayrıntılarıyla inceleyeceğiz.

Neo-Darwinist teoriyi açmaza sokan bir diğer alan ise, fosil kayıtları oldu. Fosiller, Darwin zamanında dahi teorinin önüne büyük bir engel oluşturmuştu. Darwin, teorisini destekleyecek "ara tür"canlılara ait fosillerin bulunmadığını kabul etmiş, ama yeni araştırmalar sayesinde bu fosillere ulaşılacağını öne sürmüştü. Oysa her türlü paleontolojik çabaya karşın fosil kayıtları teorinin önünde büyük bir engel olarak durmaya devam etti. Darwin zamanında teoriyi destekleyen büyük birer delil olarak görülen "körelmiş organlar", "embriyolojik rekapitülasyon"ve "homoloji"gibi kavramlar da, yeni bilimsel bulgular karşısında birer birer eridi. Tüm bu konuları kitabın ilerleyen bölümlerinde detaylarıyla ele alacağız.