Evrim teorisinin tek bir proteinin oluşumu aşamasındaki çıkmazları buraya kadar saydıklarımızla sınırlı değildir. Bir proteinin meydana gelebilmesi için gerekli olan amino asit çeşitlerinin, uygun sayı ve sıralamada ve gereken üç boyutlu yapıda dizilmeleri de yetmez. Tüm bu şartların yanı sıra, birden fazla kola sahip amino asit moleküllerinin yalnızca belirli kollarıyla birbirlerine bağlanmaları gerekmektedir. Bu şekilde yapılan bir bağa, "peptid bağı" adı verilir. Amino asitler farklı bağlarla birbirlerine bağlanabilirler; ancak proteinler, yalnızca ve yalnızca "peptid" bağlarıyla bağlanmış amino asitlerden meydana gelirler.

Bunu bir benzetmeyle gözünüzde canlandırabilirsiniz: Örneğin bir arabanın bütün parçalarının eksiksiz ve yerli yerinde olduğunu düşünün. Fakat tekerleklerden birisi, oturması gereken yere, vidalarla değil de, bir tel parçasıyla ve dairesel yüzü yere bakacak bir biçimde tutturulsun. Böyle bir arabanın motoru ne kadar güçlü olursa olsun, teknolojisi ne kadar ileri olursa olsun bir metre bile gitmesi imkansızdır. Görünüşte herşey yerli yerindedir, ancak tekerleklerden birisinin, yerine olması gerekenden farklı bir biçimde bağlanması, bütün arabayı kullanılmaz hale getirir. İşte aynı şekilde, bir protein molekülündeki tek bir amino asitin bile diğerine peptid bağından başka bir bağla bağlanmış olması bu molekülü işe yaramaz hale getirecektir.

Yapılan araştırmalar, kendi aralarında rastgele birleşen amino asitlerin en fazla % 50'sinin peptid bağı ile birbirine bağlandığı, geri kalanının ise proteinlerde bulunmayan farklı bağlarla bağlandıklarını ortaya koymuştur. Dolayısıyla bir proteinin tesadüfen oluşabilmesi ihtimalini hesaplarken, (sol-ellilik zorunluluğunun yanı sıra) her amino asitin kendinden önceki ve sonraki ile yalnızca ve yalnızca peptid bağı ile bağlanmış olması zorunluluğunu da hesaba katmak gerekmektedir. Bu da yaklaşık % 50 ihtimaldir.

Bu ihtimal de, proteindeki her amino asitin sol-elli olması ihtimali ile hemen hemen aynıdır. Yani, yine 400 amino asitlik bir proteini ele alacak olursak, bütün amino asitlerin kendi aralarında yalnızca peptid bağıyla birleşmeleri ihtimali 2399'da 1 ihtimaldir.