Son olarak, buraya kadar bazı örneklerini sıraladığımız ihtimal hesaplarının temel mantığıyla ilgili çok önemli bir noktayı belirtmek gerekir: Yukarıda hesapladığımız ihtimaller, proteinlerin rastlantısal olarak oluşumunun imkansız olduğunu göstermektedir. Ancak olayın çok daha önemli ve evrim teorisi açısından içinden çıkılmaz bir yönü vardır: Gerçekte doğada bu ihtimallerin deneme süreci bile başlayamaz. Çünkü doğada deneme-yanılma yoluyla protein üretmeye çalışan bir mekanizma yoktur.

500 amino asitlik bir proteinin oluşma ihtimalini göstermek için verdiğimiz hesaplar, sadece ideal (gerçek hayatta rastlanamayacak) bir deneme-yanılma ortamı için geçerlidir. Yani görünmez ve bilinçli bir gücün, rastgele 500 amino asiti birleştirip, sonra bunun yanlış olduğunu görüp, hepsini tek tek ayırıp, sonra ikinci kere değişik bir sırada dizdiğini farz ettiğimiz hayali bir mekanizma olduğu takdirde yararlı proteinin elde edilmesi ihtimali 10⁹⁵⁰ de "1"dir. Her denemede amino asitlerin tek tek ayrılıp yeni bir sırada dizilmesi gerekmektedir. Ayrıca her denemede, 500. amino asit de eklendikten sonra sentezin durdurulması ve tek bir amino asitin bile fazladan araya karışmasının engellenmesi, proteinin oluşup oluşmadığına bakılması, oluşmadığında hepsinin çözülüp yeni bir dizilimin denenmesi gerekmektedir. Ayrıca her denemede, araya başka hiçbir yabancı kimyasal maddenin de kesinlikle karışmaması gerekmektedir. Deneme esnasında oluşan zincirin 500 halkaya ulaşmadan parçalanmaması da şarttır. Yani baştan beri bahsettiğimiz ihtimaller, başını, sonunu ve her aşamasını bilinçli bir gücün yönettiği, yalnızca "amino asitlerin seçilimi"nin şansa bırakıldığı kontrollü bir mekanizmayla gerçekleşmektedir. Doğal şartların bu tür özelliklere sahip olması mümkün değildir. Dolayısıyla doğal ortamda bir proteinin oluşması, "ihtimal" olmak bir yana, teknik olarak da kesinlikle imkansızdır.

Bu konuları geniş boyutlu değerlendiremeyen ve yüzeysel bir bakış açısıyla yaklaşan kimseler protein oluşumunu basit bir kimyasal reaksiyon olarak düşündükleri için "amino asitler reaksiyon sonucu birleşip protein yapar" gibi gerçek dışı mantıklar kurabilirler. Oysa cansız doğada rastgele gerçekleşen kimyasal reaksiyonlar, ancak basit ve ilkel bileşikler meydana getirebilirler. Bunların sayısı ve çeşidi de belli ve sınırlıdır. Biraz daha kompleks bir kimyasal madde için dev fabrikalar, kimyasal tesisler, laboratuvarlar devreye girer. İlaçlar, günlük hayatta kullandığımız pek çok kimyasal madde hep bu cinstendir. Proteinler ise endüstride üretilen bu kimyasal maddelerden çok daha kompleks yapılara sahiptirler. Dolayısıyla, her parçasının yerli yerine ve planlı bir biçimde oturması gereken mekanik bir tasarım ve mühendislik harikası olan proteinlerin rastgele kimyasal reaksiyonlar sonucunda oluşabilmeleri kesinlikle mümkün değildir.

Yukarıda anlattığımız tüm imkansızlıkları bir an için bir kenara bırakıp, yine de yararlı bir protein molekülünün "tesadüfen" kendi kendine oluştuğunu varsayalım. Ancak bu noktada da evrim bir kez daha çıkmaza girer. Çünkü bu proteinin varlığını sürdürebilmesi için, o an içinde bulunduğu doğal ortamdan yalıtılıp, çok özel şartlarda korunması gereklidir. Aksi takdirde, bu protein dünya yüzeyindeki şartların etkisiyle anında parçalanacak veya başka asitler, amino asitler ya da diğer kimyasal maddelerle birleşerek özelliğini kaybedecek, yararsız, bambaşka bir madde haline dönüşecektir.

Dikkat edilecek olursa buraya kadar ele aldığımız konu yalnızca tek bir proteinin tesadüfen oluşabilmesinin imkansızlığıdır. Oysa, yalnızca insan vücudunda yaklaşık 100.000 farklı türde protein görev yapar. Dahası, bilinen bir milyon canlı türü vardır, ve daha on milyon kadarının var olduğu sanılmaktadır. Pek çok protein birçok yaşam biçiminde kullanılsa da, bütün bitki ve hayvan aleminde 100 milyon ya da daha fazla protein türü bulunmaktadır. Bugüne kadar nesli tükenmiş olan milyonlarca tür ise bu hesaba dahil değildir. Yani yeryüzünde yüzmilyonlarca farklı protein şifresi var olmuştur. Tek bir proteinin rastlantılarla açıklanamadığı düşünülürse, yüzmilyonlarca farklı protein şifresinin ne anlama geldiği de anlaşılır.

Bu gerçek göz önüne alındığında, "tesadüf", "rastlantı" gibi kavramların yeryüzündeki canlıların varlığı ile hiçbir ilgisi olamayacağı çok daha net anlaşılmaktadır.