Miller'ın, ilkel dünya koşullarında amino asitlerin kendi kendilerine oluşabileceklerini kanıtlamak amacıyla yaptığı deney birçok yönden tutarsızlık göstermektedir. Bunları şöyle sıralayabiliriz:

1- Miller deneyinde, "soğuk tuzak" (cold trap) isimli bir mekanizma kullanarak amino asitleri oluştukları anda ortamdan izole etmişti. Çünkü aksi takdirde, amino asitleri oluşturan ortamın koşulları, bu molekülleri oluşmalarından hemen sonra imha edecekti.

Halbuki ilkel dünya koşullarında elbette bu çeşit bilinçli düzenekler yoktu. Ve bunlar olmadan herhangi bir çeşit amino asit elde edilse bile, bu moleküller aynı ortamda hemen parçalanacaklardı. Kimyager Richard Bliss'in belirttiği gibi, "bu soğuk tuzak olmasa, kimyasal ürünler elektrik kaynağı tarafından tahrip edilmiş olacaktı".208

Nitekim Miller, soğuk tuzak yerleştirmeden yaptığı daha önceki deneylerde tek bir amino asit bile elde edememişti.

2- Miller'ın deneyinde canlandırmaya çalıştığı ilkel atmosfer ortamı gerçekçi değildi. 1980'li yıllarda bilim adamları ilkel atmosferde, metan ve amonyak yerine azot ve karbondioksit bulunması gerektiği görüşünde birleştiler. Nitekim uzun süren bir sessizlikten sonra Miller'ın kendisi de kullandığı atmosfer ortamının gerçekçi olmadığını itiraf etti.209

Peki Miller neden bu gazlar konusunda ısrar etmişti? Cevap basitti: Amonyak olmadan, bir amino asitin sentezlenmesi imkansızdı. Kevin Mc Kean, Discover dergisinde yayınladığı makalede bu durumu şöyle anlatıyor:

Nitekim Amerikalı bilim adamları J.P. Ferris ve C.T. Chen, karbondioksit, hidrojen, azot ve su buharından oluşan bir karışımla Miller'ın deneyini tekrarladılar ve bir tek molekül amino asit bile elde edemediler.211

Miller'in deneyinde oluşturduğu yapay ortam, gerçekte ilkel dünya şartlarına hiçbir benzerlik göstermiyordu.

3- Miller'ın deneyini geçersiz kılan bir diğer önemli nokta da, amino asitlerin oluştuğu öne sürülen dönemde, atmosferde amino asitlerin tümünü parçalayacak yoğunlukta oksijen bulunmasıydı. Miller'ın gözardı ettiği bu gerçek, yaşları 3.5 milyar yıl olarak hesaplanan taşlardaki okside olmuş demir ve uranyum birikintileriyle anlaşıldı.212

Oksijen miktarının, bu dönemde evrimci teorisyenlerin iddia ettiğinin çok üstünde olduğunu gösteren başka bulgular da ortaya çıktı. Araştırmalar, o dönemde dünya yüzeyine evrimci tahminlerden 10 bin kat daha fazla ultraviyole ışını ulaştığını gösterdi. Bu yoğun ultraviyolenin atmosferdeki su buharı ve karbondioksiti ayrıştırarak oksijen açığa çıkarması ise kaçınılmazdı.

Bu durum, oksijen dikkate alınmadan yapılmış olan Miller deneyini tamamen geçersiz kılıyordu. Eğer deneyde oksijen kullanılsaydı, metan, karbondioksit ve suya, amonyak ise azot ve suya dönüşecekti. Diğer taraftan, oksijenin bulunmadığı bir ortamda -henüz ozon tabakası var olmadığından -ultraviyole ışınına doğrudan maruz kalacak olan amino asitlerin hemen parçalanacakları da açıktı. Sonuçta ilkel dünyada oksijenin var olması da, olmaması da amino asitler için yok edici bir ortam demekti.

Bugün Miller'in kendisi de, 1953 yılında düzenlediği deneyin hayatın kökenin açıklamaktan çok uzak olduğunu kabul etmektedir.

4- Miller deneyinin sonucunda, canlıların yapı ve fonksiyonlarını bozucu özelliklere sahip organik asitlerden de çok miktarda oluşmuştu. Amino asitlerin, izole edilmeyip de bu kimyasal maddelerle aynı ortamda bırakılmaları halinde ise, bunlarla kimyasal reaksiyona girip parçalanmaları ve farklı bileşiklere dönüşmeleri kaçınılmazdı.

Ayrıca deney sonucunda ortaya bol miktarda sağ-elli amino asit çıkmıştı.213 Yalnızca bu amino asitlerin varlığı bile evrim teorisini kendi mantığı içinde çürütmeye yeterliydi. Çünkü sağ-elli amino asitler, canlı yapısında kullanılamayan amino asitlerdi. Sonuç olarak Miller'ın deneyindeki amino asitlerin oluştuğu ortam, canlılık için elverişli değil, aksine ortaya çıkacak işe yarar molekülleri parçalayıcı, yakıcı bir asit karışımı niteliğindeydi.

Tüm bunların gösterdiği tek bir somut gerçek vardır: Miller deneyi canlılığın ilkel dünya şartlarında tesadüfen meydana gelebileceği iddiasını desteklememektedir. Deney, amino asit sentezlemeye yönelik bilinçli ve kontrollü bir laboratuvar çalışmasıdır. Kullanılan gazların cinsleri ve karışım oranları amino asitlerin oluşabilmesi için en ideal ölçülerde belirlenmiştir. Ortama verilen enerji miktarı, ne eksik ne fazla, tamamen istenen reaksiyonların gerçekleşmesini sağlayacak biçimde titizlikle ayarlanmıştır. Deney aparatı, ilkel dünya koşullarında mevcut olabilecek hiçbir zararlı, tahrip edici ya da amino asit oluşumunu engelleyici unsuru barındırmayacak biçimde izole edilmiştir. İlkel dünyada var olan ve reaksiyonların seyrini değiştirecek hiçbir element, mineral ya da bileşik deney tüpüne konulmamıştır. Oksidasyon nedeniyle amino asitlerin varlığına imkan vermeyecek oksijen bunlardan yalnızca birisidir. Kaldı ki, hazırlanan ideal laboratuvar koşullarında bile, "soğuk tuzak" (cold trap) denen mekanizma olmadan amino asitlerin aynı ortamda parçalanmadan varlıklarını sürdürebilmeleri mümkün değildir.

Gerçekte Miller deneyiyle evrimin, "canlılığın bilinçsiz tesadüfler sonucu ortaya çıktığı" şeklindeki iddiası da çürümüştür. Çünkü deney, amino asitlerin ancak tüm koşulları özel olarak ayarlanmış bir laboratuvar ortamında, bilinçli müdahalelerle elde edilebileceğini göstermektedir.

Miller deneyi, Türkiye'deki bazı kaynaklarda hala önemli bir bilimsel bulgu gibi gösterilse de, aslında evrimci otoriteler tarafından terk edilmiş durumdadır. Son yıllarda Batılı bilim dergilerinde deneyin hayatın kökenini açıklamak yönünden bir anlam ifade etmediği belirtilmektedir. Örneğin 1998'in Şubat ayında yayınlanan ünlü evrimci bilim dergisi Earth'deki "Yaşamın Potası" başlıklı makalede şu ifadeler yer alır:

Görüldüğü gibi, Miller'ın kendisi dahi bugün deneyinin, yaşamın kökenini açıklama adına bir anlam ifade etmediğinin farkındadır. National Geographic'in Mart 1998 sayısındaki, "Yeryüzündeki Yaşamın Kökeni" başlıklı makalede ise, konuyla ilgili şu satırlara yer verilir:

Kısacası, ne Miller Deneyi ne de başka hiçbir evrimci çaba, yeryüzünde hayatın nasıl oluştuğu sorusunu cevaplayamamaktadır. Tüm araştırmalar, hayatın rastlantılarla ortaya çıkmasının imkansızlığını ortaya koymakta ve böylece hayatın yaratılmış olduğunu göstermektedir. Evrimcilerin bu açık gerçeği kabul etmemeleri ise, bilime tamamen aykırı bir takım önyargılara sahip olmalarından kaynaklanır. Nitekim Miller Deneyi'ni öğrencisi Stanley Miller ile birlikte organize eden Harold Urey, bu konuda şu itirafı yapmıştır:

208 Richard B. Bliss & Gary E. Parker, Origin of Life, California: 1979, s. 14
209 Stanley Miller, Molecular Evolution of Life: Current Status of the Prebiotic Synthesis of Small Molecules, 1986, s. 7
210 Kevin Mc Kean, Bilim ve Teknik, Sayı 189, s. 7.
211 J. P. Ferris, C. T. Chen, "Photochemistry of Methane, Nitrogen, and Water Mixture As a Model for the Atmosphere of the Primitive Earth", Journal of American Chemical Society, cilt 97:11, 1975, s. 2964.
212 "New Evidence on Evolution of Early Atmosphere and Life", Bulletin of the American Meteorological Society, cilt 63, Kasım 1982, s. 1328-1330
213 Richard B. Bliss & Gary E. Parker, Origin of Life, California, 1979, s. 25
214 Earth, "Life's Crucible", Şubat 1998, s. 34.
215 National Geographic, "The Rise of Life on Earth", Mart 1998, s. 68
216 W. R. Bird, The Origin of Species Revisited, Nashville: Thomas Nelson Co., 1991, s. 325