Evrimci kaynaklarda, amino asitlerin kökeni sorunu, buraya dek saydığımız bütün tutarsızlıklarına rağmen Miller deneyi ile geçiştirilmeye çalışılır. Bu geçersiz deneyle söz konusu sorunun çoktan çözülmüş olduğu gibi bir izlenim verilerek, evrim teorisinin açmazları örtülmeye çalışılır.

Ancak canlılığın kökenini rastlantılarla açıklama çabasının ikinci aşamasında, evrim teorisini, amino asitlerden çok daha büyük bir problem beklemektedir: Proteinler. Yani yüzlerce farklı amino asitin belirli bir sıra içinde birbirlerine eklenerek oluşturdukları canlılığın yapıtaşları.

Proteinlerin doğal şartlarda tesadüfen oluştuklarını öne sürmek, amino asitlerin tesadüfen oluştuklarını öne sürmekten çok daha gerçek dışı bir iddiadır. Amino asitlerin, proteinleri oluşturmak üzere uygun dizilimlerde tesadüfen birleşebilmelerinin matematiksel imkansızlığını önceki sayfalarda olasılık hesapları ile incelemiştik. Ancak protein oluşumu, kimyasal olarak da ilkel dünya koşullarında mümkün değildir.