Buraya kadar incelediklerimizin gösterdiği gibi, evrim teorisi moleküler düzeyde önemli bir açmazdadır. Amino asitlerin kökeni evrim teorisi tarafından hiçbir şekilde açıklanamamıştır. Proteinlerin kökeni ise evrim açısından çok daha büyük bir sorundur.

Ancak, sorun yalnızca amino asit ve proteinlerle de sınırlı değildir; bunlar sadece bir başlangıçtır. Bunların da ötesinde asıl olarak, canlı hücresinin olağanüstü kompleks yapısı evrim açısından büyük bir çıkmaz oluşturur. Çünkü hücre, amino asit yapılı proteinlerden oluşmuş bir yığın değil, insanoğlunun şimdiye kadar karşılaştığı en kompleks sistemdir.

Canlılığın kökenini rastlantılarla açıklama çabasındaki evrim teorisi, hücredeki en temel moleküllerin varlığına bile tutarlı bir açıklama getirememişken, genetik bilimindeki ilerlemeler ve nükleik asitlerin, yani DNA ve RNA'nın keşfi, teori için yepyeni problemler doğurdu. 1955 yılında James Watson ve Francis Crick adlı iki bilim adamının çalışmaları, DNA'nın inanılmaz derecedeki karmaşık yapısını ve tasarımını gün ışığına çıkardı.

Watson ve Crick DNA'nın yapısını keşfettiklerinde, canlılığın önceden sanılandan çok daha kompleks olduğunu da ortaya çıkarmış oldular.

Vücuttaki 100 trilyon hücrenin her birinin çekirdeğinde bulunan DNA adlı molekül, insan vücudunun eksiksiz bir yapı planını içerir. Bir insana ait bütün özelliklerin bilgisi, dış görünümünden iç organlarının yapılarına kadar DNA'nın içinde özel bir şifre sistemiyle kayıtlıdır. DNA'daki bilgi, bu molekülü oluşturan dört özel molekülün diziliş sırası ile kodlanmıştır. Nükleotid (veya baz) adı verilen bu moleküller, isimlerinin baş harfleri olan A, T, G, C ile ifade edilirler. İnsanlar arasındaki tüm yapısal farklar, bu harflerin diziliş sıralamaları arasındaki farktan doğar. Bu, dört harfli bir alfabeden oluşan bir tür bilgi bankasıdır. DNA'daki harflerin diziliş sırası, insanın yapısını en ince ayrıntılarına dek belirler. Boy, göz, saç ve cilt rengi gibi özelliklerin yanısıra, vücuttaki 206 kemiğin, 600 kasın, 10.000 işitme siniri ağının, 2 milyon optik sinir ağının, 100 milyar sinir hücresinin ve 100 trilyon hücrenin planları tek bir hücrenin DNA'sında mevcuttur. Eğer DNA'daki bu genetik bilgiyi kağıda dökmeye kalksak, yaklaşık 500'er sayfalık 900 ciltten oluşan dev bir kütüphane oluşturmamız gerekir. Fakat, bu inanılmaz hacimdeki bilgi, milimetrenin yüzde biri büyüklüğündeki hücrenin, ondan çok daha küçük olan çekirdeğinde saklı bulunan DNA'nın genlerinde şifrelenmiştir.