70'li yıllarda, ilkel dünya atmosferinin içerdiği gazların amino asit sentezini imkansız kıldığının anlaşılması, kimyasal evrim teorisi için büyük bir darbe oldu. Miller, Fox, Ponnamperuma gibi evrimcilerin yıllar boyu yürüttüğü "ilkel atmosfer deneyleri"nin tümünün geçersiz olduğu anlaşıldı. Bu nedenle 80'li yıllarda başka evrimci arayışlar gelişti. Bunun sonucunda, ilk önce proteinlerin değil, proteinlerin bilgisini taşıyan RNA molekülünün oluştuğunu öne süren "RNA Dünyası" senaryosu ortaya atıldı.

1986 yılında Harvard'lı kimyacı Walter Gilbert tarafından ortaya atılan bu senaryoya göre, bundan milyarlarca yıl önce, her nasılsa kendi kendisini kopyalayabilen bir RNA molekülü tesadüfen kendiliğinden oluşmuştu. Sonra bu RNA molekülü çevre şartlarının etkisiyle birdenbire proteinler üretmeye başlamıştı. Daha sonra bilgileri ikinci bir molekülde saklamak ihtiyacı doğmuş ve her nasılsa DNA molekülü ortaya çıkmıştı.

Her aşaması ayrı bir imkansızlıklar zinciri olan bu hayal etmesi bile güç senaryo, hayatın başlangıcına açıklama getirmek yerine, sorunu daha da büyütmüş, pek çok içinden çıkılmaz soruyu gündeme getirmiştir:

1- Daha, RNA'yı oluşturan nükleotidlerin tek bir tanesinin bile oluşması kesinlikle rastlantılarla açıklanamazken, acaba hayali nükleotidler nasıl uygun bir dizilimde bir araya gelerek RNA'yı oluşturmuşlardı? Evrimci biyolog John Horgan RNA'nın tesadüfen oluşmasının imkansızlığını şöyle kabullenir:

2- Tesadüfen oluştuğunu farz etsek bile, yalnızca bir nükleotid zincirinden ibaret olan bu RNA hangi bilinçle kendisini kopyalamaya karar vermiş ve ne tür bir mekanizmayla bu kopyalamayı başarmıştı? Kendisini kopyalarken kullanacağı nükleotidleri nereden bulmuştu? Evrimci mikrobiyologlar Gerald Joyce ve Leslie Orgel, durumun ümitsizliğini şöyle dile getirmekteler:

3- Kaldı ki eğer ilkel dünyada kendini kopyalayan bir RNA oluştuğunu ve ortamda RNA'nın kullanacağı her çeşit amino asitten sayısız miktarlarda bulunduğunu farz etsek ve bütün bu imkansızlıkların bir şekilde gerçekleşmiş olduğunu düşünsek bile, bu durum yine de tek bir protein molekülünün oluşabilmesi için yeterli değildir. Çünkü RNA, sadece proteinin yapısıyla ilgili bilgidir. Amino asitler ise hammaddedir. Ancak ortada proteini üretecek "mekanizma" yoktur. RNA'nın varlığını protein üretimi için yeterli saymak, bir arabanın kağıt üzerine çizilmiş tasarımını o arabayı oluşturacak binlerce parçanın üzerine atıp sonra arabanın kendi kendine montajlanıp ortaya çıkmasını beklemekle aynı derecede anlamsızdır.

Bir protein, hücre içindeki son derece karmaşık işlemler sonucunda pek çok enzimin yardımıyla ribozom adı verilen organelde üretilir. Ribozom ise yine proteinlerden oluşmuş karmaşık bir hücre organelidir. Dolayısıyla bu durum, ribozomun da aynı anda tesadüfen meydana gelmiş olması gibi olanak dışı bir varsayımı daha beraberinde getirecektir. Evrim teorisinin ünlü savunucularından Nobel ödüllü Jacques Monod bile protein sentezinin yalnızca nükleik asitlerdeki bilgiye indirgenmesinin mümkün olmadığını şu şekilde açıklamaktadır:

İlkel dünyadaki bir RNA zinciri hangi iradeyle böyle bir karar almış ve hangi yöntemleri kullanarak, 50 özel görevli parçacığın işini tek başına yaparak protein üretimini gerçekleştirmiştir? Evrimcilerin bu sorulara getirebildikleri hiçbir açıklama yoktur. Ünlü bilim dergisi Nature'de yer alan bir makalede de 'kendini kopyalayan RNA' kavramının tamamen hayal mahsulü olduğu, gerçekte ise hiçbir deneyde bu tür bir RNA'nın elde edilemediği belirtilmektedir:

San Diego California Üniversitesi'nden Stanley Miller'ın ve Francis Crick'in çalışma arkadaşı olan ünlü evrimci Dr. Leslie Orgel, "hayatın RNA dünyası ile başlayabilmesi" ihtimali için "senaryo" deyimini kullanmaktadır. Orgel, bu RNA'nın hangi özelliklere sahip olması gerektiğini ve bunun imkansızlığını, American Scientist'in Ekim 1994 sayısındaki "The Origin of Life on the Earth" başlıklı makalede şöyle ifade eder:

Açıkça anlaşılacağı gibi Orgel'in, "olmazsa olmaz" şartını koyduğu bu iki kompleks işlemi RNA gibi bir molekülden beklemek bilimsel düşünceye aykırıdır. Somut bilimsel gerçekler, hayatın rastlantılarla ortaya çıktığı iddiasının yeni bir versiyonu olan "RNA Dünyası" tezinin, gerçekleşmesi imkansız bir senaryo olduğunu ortaya koymaktadır.

John Horgan da The End of Science adlı kitabında, sonradan geçersizliği ortaya çıkmış ünlü Miller deneyinin sahibi Stanley Miller'ın, son dönemlerde ortaya sürülen hayatın kökeni hakkındaki teorileri son derece anlamsız ve küçük gören tavrını şöyle aktarmaktadır:

Miller gibi, hayatın kökenine evrimci açıklama bulabilme çabasının öncülüğünü yapmış en ateşli evrim taraftarlarının bile, evrim açısından bu derece ümitsiz ifadeleri teorinin içinde bulunduğu çaresizliği açık bir biçimde yansıtmaktadır.

231 John Horgan, "In the Beginning", Scientific American, cilt 264, Şubat 1991, s. 119
232 G.F. Joyce, L. E. Orgel, "Prospects for Understanding the Origin of the RNA World", In the RNA World, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1993, s. 13
233 Jacques Monod, Chance and Necessity, New York: 1971, s.143
234 Dover, Gabby L. 1999. Looping the Evolutionary loop. Review of the origin of life from the birth of life to the origin of language. Nature 399: 218
235 Leslie E. Orgel, "The Origin of Life on the Earth", Scientific American, Ekim 1994, cilt 271, s. 78
236 Horgan, John, 1996, The End of Science, MA Addison-Wesley, s. 139